### R code from vignette source 'vignettes/motifRG/inst/doc/motifRG.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: motifRG.Rnw:73-82 ################################################### library(motifRG) data(ctcf.seq) data(control.seq) ### concatenate the foreground, background sequences all.seq <- append(ctcf.seq, control.seq) ### specify which sequences are foreground, background. category <- c(rep(1, length(ctcf.seq)), rep(0, length(control.seq))) ### find motifs ctcf.motifs <- findMotif(all.seq=all.seq, category=category, max.motif=3) ################################################### ### code chunk number 2: motifRG.Rnw:85-86 ################################################### motifLatexTable(main="CTCF motifs", ctcf.motifs) ################################################### ### code chunk number 3: motifRG.Rnw:90-93 ################################################### ###Find a refined PWM model given the motif matches as seed pwm.match <- refinePWMMotif(ctcf.motifs$motifs[[1]]@match$pattern, ctcf.seq) library(seqLogo) ################################################### ### code chunk number 4: motifRG.Rnw:98-99 ################################################### seqLogo(pwm.match$model$prob) ################################################### ### code chunk number 5: motifRG.Rnw:105-112 ################################################### ## Motifs found by findMotif tend to be relatively short, as longer and ## more specific motif models do not necessarily provide better ## discrimination of foreground background vs background if they are ## already well separated. However, one can refine and extend a PWM model ## given the motif matches by findMotif as seed for more specific model. pwm.match.extend <- refinePWMMotifExtend(ctcf.motifs$motifs[[1]]@match$pattern, ctcf.seq) ################################################### ### code chunk number 6: motifRG.Rnw:117-118 ################################################### seqLogo(pwm.match.extend$model$prob) ################################################### ### code chunk number 7: motifRG.Rnw:126-127 ################################################### plotMotif(pwm.match.extend$match$pattern)