### R code from vignette source 'vignettes/manta/inst/doc/manta.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: foo ################################################### options(keep.source = TRUE, width = 60) foo <- packageDescription("manta") ################################################### ### code chunk number 2: loadlib ################################################### library(manta) ################################################### ### code chunk number 3: manta.Rnw:74-81 ################################################### cts.path <- system.file("extdata","PapaGO-BWA.counts-diatoms.tab", package="manta") cts <- read.delim(cts.path) samples <- makeSampleDF(cts) obj.simple <- manta(counts= cts, samples = samples) print(obj.simple) ################################################### ### code chunk number 4: counts2manta ################################################### cts.path <- system.file("extdata","PapaGO-BWA.counts-diatoms.tab", package="manta") cts <- read.delim(cts.path) cts.annot.path <- system.file("extdata","PapaGO-BWA.annot-diatoms.tab", package="manta") cts.annot <- read.delim(cts.annot.path, stringsAsFactors=FALSE) obj <- counts2manta(cts, annotation=cts.annot, a.merge.clmn='query_seq', agg.clmn='what_def', meta.clmns=c('family','genus_sp'), gene.clmns=c('what_def','kid','pathway')) ################################################### ### code chunk number 5: align2manta ################################################### align.path <- system.file("extdata","PapaGO-BLAST.results-diatoms.tab", package="manta") annot.diatoms <- read.delim(align.path, stringsAsFactors=FALSE) obj <- align2manta(annot.diatoms, cond.clmn='treatment', agg.clmn='what_def', gene.clmns=c('what_def','kid','pathway'), meta.clmns=c('family','genus_sp')) ################################################### ### code chunk number 6: readSeastar ################################################### conditions <- caroline::nv(factor(x=1:2, labels=c('ambient','plusFe')),c('ref','obs')) ss.names <- caroline::nv(paste('Pgranii-',conditions,'.seastar', sep=''), conditions) ss.paths <- system.file("extdata",ss.names, package="manta") df <- readSeastar(ss.paths[1]) ################################################### ### code chunk number 7: pplacer2manta ################################################### KOG.SQLite.repo <- system.file("extdata","pplacer", package="manta") obj.KOG <- pplacer2manta(dir=KOG.SQLite.repo, groups=c('coastal','costal','DCM','surface','upwelling'), norm=FALSE, disp=FALSE ) ################################################### ### code chunk number 8: compbiasPlot ################################################### compbiasPlot(obj, pair=conditions, meta.lev='genus_sp', meta.lev.lim=7) ################################################### ### code chunk number 9: fig1 ################################################### compbiasPlot(obj, pair=conditions, meta.lev='genus_sp', meta.lev.lim=7) ################################################### ### code chunk number 10: compbiasTest ################################################### compbiasTest(obj, meta.lev='genus_sp') ################################################### ### code chunk number 11: compbiasTest2 ################################################### annot.diatoms.sub <- subset(annot.diatoms, !genus_sp %in% paste('Pseudo-nitzschia',c('granii','australis'))) obj.sub <- align2manta(annot.diatoms.sub, cond.clmn='treatment', agg.clmn='what_def', gene.clmns=c('what_def','kid','pathway'), meta.clmns=c('family','genus_sp')) compbiasTest(obj.sub, meta.lev='genus_sp') ################################################### ### code chunk number 12: dispersion2 ################################################### obj.sub <- calcNormFactors(obj.sub) obj.sub <- estimateCommonDisp(obj.sub) ################################################### ### code chunk number 13: dispersion2manual ################################################### obj.sub <- estimateGLMCommonDisp(obj.sub, method="deviance", robust=TRUE , subset=NULL) obj.sub$common.dispersion ################################################### ### code chunk number 14: exacttest ################################################### test <- exactTest(obj.sub) # edgeR ################################################### ### code chunk number 15: outliers ################################################### topTags(test, n=5) out <- outGenes(test) ################################################### ### code chunk number 16: plotmanta ################################################### obj.sub$nr <- nf2nr(x=obj.sub, pair=conditions) plot(obj.sub, main='Diatom Gene Expression\n at Ocean Station Papa', meta.lev='genus_sp', pair=conditions, lgd.pos='bottomright') ################################################### ### code chunk number 17: fig2 ################################################### obj.sub$nr <- nf2nr(x=obj.sub, pair=conditions) plot(obj.sub, main='Diatom Gene Expression\n at Ocean Station Papa', meta.lev='genus_sp', pair=conditions, lgd.pos='bottomright') ################################################### ### code chunk number 18: plotdetest ################################################### with(test$table, plot(logCPM, logFC)) ################################################### ### code chunk number 19: fig3 ################################################### with(test$table, plot(logCPM, logFC)) ################################################### ### code chunk number 20: hyperplot ################################################### caroline::hyperplot(obj, annout=out, browse=FALSE)