### R code from vignette source 'vignettes/logitT/inst/doc/logitT.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: logitT.Rnw:76-77 ################################################### library(logitT) ################################################### ### code chunk number 2: logitT.Rnw:90-94 ################################################### library(SpikeInSubset) data(spikein95) ## get the example data groupvector<-c("A","A","A","B","B","B") ## specify group affiliations logitTex<-logitTAffy(spikein95, group=groupvector) ################################################### ### code chunk number 3: logitT.Rnw:99-100 ################################################### logitTex[1:10] ################################################### ### code chunk number 4: logitT.Rnw:110-111 ################################################### groupvector<-c("A","A","A","B","B","B") ################################################### ### code chunk number 5: logitT.Rnw:120-123 ################################################### pvals <- (1-pt(abs(logitTex),df=4))*2 ## calculate p-values signifgenes<-names(logitTex)[pvals<0.01] ## find probe sets with p-values smaller than 0.01 signifgenes