### R code from vignette source 'vignettes/cn.mops/inst/doc/cn.mops.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: cn.mops.Rnw:40-44 ################################################### options(width=75) set.seed(0) library(cn.mops) cn.mopsVersion <- packageDescription("cn.mops")$Version ################################################### ### code chunk number 2: cn.mops.Rnw:137-138 ################################################### library(cn.mops) ################################################### ### code chunk number 3: cn.mops.Rnw:147-149 (eval = FALSE) ################################################### ## BAMFiles <- list.files(pattern=".bam$") ## bamDataRanges <- getReadCountsFromBAM(BAMFiles) ################################################### ### code chunk number 4: cn.mops.Rnw:153-154 (eval = FALSE) ################################################### ## res <- cn.mops(bamDataRanges) ################################################### ### code chunk number 5: cn.mops.Rnw:159-160 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(res,which=1) ################################################### ### code chunk number 6: cn.mops.Rnw:164-169 ################################################### data(cn.mops) resCNMOPS <- cn.mops(XRanges) pdf("003.pdf") plot(resCNMOPS,which=7,toFile=TRUE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 7: cn.mops.Rnw:228-232 ################################################### BAMFiles <- list.files(system.file("extdata", package="cn.mops"),pattern=".bam$", full.names=TRUE) bamDataRanges <- getReadCountsFromBAM(BAMFiles, sampleNames=paste("Sample",1:3),mode="unpaired") ################################################### ### code chunk number 8: cn.mops.Rnw:237-238 ################################################### (bamDataRanges) ################################################### ### code chunk number 9: cn.mops.Rnw:257-259 ################################################### data(cn.mops) ls() ################################################### ### code chunk number 10: cn.mops.Rnw:264-265 ################################################### head(XRanges[,1:3]) ################################################### ### code chunk number 11: cn.mops.Rnw:268-269 (eval = FALSE) ################################################### ## resCNMOPS <- cn.mops(XRanges) ################################################### ### code chunk number 12: cn.mops.Rnw:273-274 ################################################### resCNMOPS <- calcIntegerCopyNumbers(resCNMOPS) ################################################### ### code chunk number 13: cn.mops.Rnw:280-281 ################################################### head(X[,1:3]) ################################################### ### code chunk number 14: cn.mops.Rnw:284-285 (eval = FALSE) ################################################### ## resCNMOPSX <- cn.mops(X) ################################################### ### code chunk number 15: cn.mops.Rnw:289-290 (eval = FALSE) ################################################### ## resCNMOPSX <- calcIntegerCopyNumbers(resCNMOPSX) ################################################### ### code chunk number 16: cn.mops.Rnw:296-297 (eval = FALSE) ################################################### ## all(individualCall(resCNMOPSX)==individualCall(resCNMOPS)) ################################################### ### code chunk number 17: cn.mops.Rnw:303-304 (eval = FALSE) ################################################### ## (resCNMOPS) ################################################### ### code chunk number 18: cn.mops.Rnw:308-309 ################################################### cnvs(resCNMOPS)[1:5] ################################################### ### code chunk number 19: cn.mops.Rnw:314-315 ################################################### cnvr(resCNMOPS)[1,1:5] ################################################### ### code chunk number 20: cn.mops.Rnw:321-322 ################################################### (CNVRanges[15,1:5]) ################################################### ### code chunk number 21: cn.mops.Rnw:328-330 ################################################### ranges(cnvr(resCNMOPS))[1:2] ranges(cnvr(resCNMOPS)) %in% ranges(CNVRanges) ################################################### ### code chunk number 22: cn.mops.Rnw:336-337 (eval = FALSE) ################################################### ## help(CNVDetectionResult) ################################################### ### code chunk number 23: cn.mops.Rnw:346-347 (eval = FALSE) ################################################### ## segplot(resCNMOPS,sampleIdx=13) ################################################### ### code chunk number 24: cn.mops.Rnw:350-353 ################################################### pdf("002.pdf") segplot(resCNMOPS,sampleIdx=13,seqnames="chrA") dev.off() ################################################### ### code chunk number 25: cn.mops.Rnw:372-373 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(resCNMOPS,which=1) ################################################### ### code chunk number 26: cn.mops.Rnw:376-379 ################################################### pdf("001.pdf") plot(resCNMOPS,which=1,toFile=TRUE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 27: cn.mops.Rnw:442-449 (eval = FALSE) ################################################### ## library(cn.mops) ## BAMFiles <- list.files(pattern=".bam$") ## segments <- read.table("targetRegions.bed",sep="\t",as.is=TRUE) ## gr <- GRanges(segments[,1],IRanges(segments[,2],segments[,3])) ## X <- getSegmentReadCountsFromBAM(BAMFiles,GR=gr,mode="unpaired") ## resCNMOPS <- exomecn.mops(X) ## resCNMOPS <- calcIntegerCopyNumbers(resCNMOPS) ################################################### ### code chunk number 28: cn.mops.Rnw:454-456 ################################################### resultExomeData <- exomecn.mops(exomeCounts) resultExomeData <- calcIntegerCopyNumbers(resultExomeData ) ################################################### ### code chunk number 29: cn.mops.Rnw:459-460 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(resultExomeData,which=4) ################################################### ### code chunk number 30: cn.mops.Rnw:463-466 ################################################### pdf("004.pdf") plot(resultExomeData,which=4,toFile=TRUE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 31: cn.mops.Rnw:482-484 (eval = FALSE) ################################################### ## #the following removes the "chr" from reference sequence names ## seqlevels(gr) <- gsub("chr","",seqlevels(gr)) ################################################### ### code chunk number 32: cn.mops.Rnw:490-492 (eval = FALSE) ################################################### ## gr <- GRanges(segments[,1],IRanges(segments[,2]-30,segments[,3]+30)) ## gr <- reduce(gr) ################################################### ### code chunk number 33: cn.mops.Rnw:507-509 ################################################### XchrX <- normalizeChromosomes(X[1:500, ],ploidy=c(rep(1,10),rep(2,30))) cnvr(calcIntegerCopyNumbers(cn.mops(XchrX,norm=FALSE))) ################################################### ### code chunk number 34: cn.mops.Rnw:523-525 (eval = FALSE) ################################################### ## resHaplo <- haplocn.mops(X) ## resHaplo <- calcIntegerCopyNumbers(resHaplo) ################################################### ### code chunk number 35: cn.mops.Rnw:534-537 ################################################### resRef <- referencecn.mops(cases=X[,1],controls=rowMeans(X)) resRef <- calcIntegerCopyNumbers(resRef) (cnvs(resRef)) ################################################### ### code chunk number 36: cn.mops.Rnw:548-549 (eval = FALSE) ################################################### ## toBibtex(citation("cn.mops"))