### R code from vignette source 'vignettes/Vega/inst/doc/Vega.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadVega ################################################### library(Vega) ################################################### ### code chunk number 2: loadG519Data ################################################### data(G519) ################################################### ### code chunk number 3: printG519Data ################################################### G519[1:16,] ################################################### ### code chunk number 4: runVegaWithSexChromosomes ################################################### seg <- vega(CNVdata=G519, chromosomes=c(1:22,"X","Y")) ################################################### ### code chunk number 5: runVegaChromosomes_1_and_X ################################################### seg_1X <- vega(CNVdata=G519, chromosomes=c(1,"X")) ################################################### ### code chunk number 6: printResults ################################################### seg[1:5,] ################################################### ### code chunk number 7: plotAllChromosomes_LRR ################################################### plotSegmentation(G519, seg, chromosomes=c(1:22,"X","Y"), opt=0) ################################################### ### code chunk number 8: PlotChromosome1_LRR ################################################### plotSegmentation(G519, seg, chromosomes=c(1), opt=0) ################################################### ### code chunk number 9: PlotChromosome1_Label ################################################### plotSegmentation(G519, seg, chromosomes=c(1), opt=1)