### R code from vignette source 'vignettes/SLGI/inst/doc/SLGI.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: set up ################################################### library("SLGI") library("org.Sc.sgd.db") ##loading Tong et al data data(SGA) data(Atong) ################################################### ### code chunk number 2: rejected ################################################### rejected <- length(intersect(SGA, org.Sc.sgdREJECTORF)) ################################################### ### code chunk number 3: aliasMatch ################################################### updateSGA=mget(SGA, org.Sc.sgdCOMMON2ORF, ifnotfound = NA ) ################################################### ### code chunk number 4: essential genes in query gene list ################################################### data(essglist) esg = names(essglist) n1 <- sum( esg %in% dimnames(Atong)[[1]]) n2 <- sum( esg %in% dimnames(Atong)[[2]]) ################################################### ### code chunk number 5: SLGI.Rnw:154-156 ################################################### data(Boeke2006raw) data(Boeke2006) ################################################### ### code chunk number 6: SLGI.Rnw:179-182 ################################################### ## Schuldiner et al. (2005) data(gi2005) data(gi2005.metadata) ################################################### ### code chunk number 7: SLGI.Rnw:200-201 ################################################### data(TFmat) ################################################### ### code chunk number 8: ScISI ################################################### library(ScISI) data(ScISIC) ScISIC[1:5, 1:5] ################################################### ### code chunk number 9: SLGI.Rnw:230-236 ################################################### data(Boeke2006) data(dSLAM) dim(Boeke2006) Boeke2006red <- gi2Interactome(Boeke2006, ScISIC) dim(Boeke2006red) ################################################### ### code chunk number 10: SLGI.Rnw:246-247 ################################################### interact <- getInteraction(Boeke2006red, dSLAM, ScISIC) ################################################### ### code chunk number 11: SLGI.Rnw:252-253 ################################################### intSummary <- iSummary(interact$bwMat, n=5) ################################################### ### code chunk number 12: SLGI.Rnw:261-263 (eval = FALSE) ################################################### ## modelBoeke <- modelSLGI(Boeke2006red, ## universe= dSLAM, interactome=ScISIC,type="intM", perm=5) ################################################### ### code chunk number 13: SLGI.Rnw:270-271 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(modelBoeke,pch=20) ################################################### ### code chunk number 14: SLGI.Rnw:291-296 (eval = FALSE) ################################################### ## array <- dSLAM[dSLAM %in% rownames(ScISIC)] ## query <- rownames(Boeke2006)[rownames(Boeke2006) %in% rownames(ScISIC)] ## allInteract <- matrix(1, nrow=length(query), ncol=length(array), ## dimnames=list(query, array)) ## tested <- getInteraction(allInteract, dSLAM, ScISIC) ################################################### ### code chunk number 15: SLGI.Rnw:299-302 (eval = FALSE) ################################################### ## testedInteract <- test2Interact(iMat=interact$bwMat, tMat=tested$bwMat, interactome=ScISIC) ## significant <- hyperG(cbind("Tested"=testedInteract$tested,"Interact"=testedInteract$interact), ## sum(Boeke), nrow(Boeke2006red)*length(dSLAM))