### R code from vignette source 'vignettes/RmiR/inst/doc/RmiR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: callVign (eval = FALSE) ################################################### ## vignette("RmiR.Hs.miRNA") ################################################### ### code chunk number 2: createLists ################################################### genes <- data.frame(genes=c("A_23_P171258","A_23_P150053", "A_23_P150053", "A_23_P150053", "A_23_P202435", "A_24_P90097", "A_23_P127948")) genes$expr <- c(1.21, -1.50, -1.34, -1.45, -2.41, -2.32, -3.03) mirna <- data.frame(mirna=c("hsa-miR-148b", "hsa-miR-27b", "hsa-miR-25", "hsa-miR-181a", "hsa-miR-27a", "hsa-miR-7", "hsa-miR-32", "hsa-miR-32", "hsa-miR-7")) mirna$expr <- c(1.23, 3.52, -2.42, 5.2, 2.2, -1.42, -1.23, -1.20, -1.37) ################################################### ### code chunk number 3: listGene ################################################### genes ################################################### ### code chunk number 4: listmiRNA ################################################### mirna ################################################### ### code chunk number 5: read.mir1 ################################################### library(RmiR) read.mir(genes=genes, mirna=mirna, annotation="hgug4112a.db") ################################################### ### code chunk number 6: read.mir2 ################################################### read.mir(genes=genes, mirna=mirna, annotation="hgug4112a.db", at.least=1) ################################################### ### code chunk number 7: read.mir4 ################################################### genes.e <- genes genes.e$gene_id <- c(22, 59, 59, 59, 120, 120, 133) genes.e <- genes.e[, c("gene_id", "expr")] genes.e read.mir(genes = genes.e, mirna = mirna, annotation = "hgug4112a.db", id="genes") ################################################### ### code chunk number 8: read.mir4 ################################################### genes.a <- genes genes.a$alias <- c("ABCB7", "ADD3", "ADDL", "ADD3", "AAT6", "ACTA2", "ADM") genes.a <- genes.a[, c("alias", "expr")] genes.a read.mir(genes = genes.a, mirna = mirna, annotation = "hgug4112a.db", id="alias") ################################################### ### code chunk number 9: read.mir3 ################################################### read.mir(genes=genes, mirna=mirna, annotation="hgug4112a.db", at.least=1, id.out="probes") ################################################### ### code chunk number 10: RmiRtc ################################################### data(RmiR) res1<- read.mir(gene=gene1, mirna=mir1, annotation="hgug4112a.db",verbose=TRUE) res2<- read.mir(gene=gene2, mirna=mir2, annotation="hgug4112a.db",verbose=TRUE) res3<- read.mir(gene=gene3, mirna=mir3, annotation="hgug4112a.db",verbose=TRUE) res_tc <- RmiRtc(timeline=c("res1", "res2", "res3"), timevalue=c(12, 24, 48)) ################################################### ### code chunk number 11: readRmiRtc ################################################### res_fil <- readRmiRtc(res_tc, correlation=-0.9, exprLev=1, annotation="hgug4112a.db") res_fil$reps ################################################### ### code chunk number 12: printRmiRtc ################################################### cbind (res_fil$couples, res_fil$geneExpr, res_fil$mirExpr)[res_fil$couples$gene_id==351 & res_fil$cor<=-0.9, ] ################################################### ### code chunk number 13: plotRmiR1 (eval = FALSE) ################################################### ## plotRmiRtc(res1[res1$gene_id==351,],svgname="res1_351.svg",svgTips=T) ################################################### ### code chunk number 14: plotRmiR2 ################################################### plotRmiRtc(res_fil,gene_id=351) ################################################### ### code chunk number 15: plotRmiR3 ################################################### plotRmiRtc(res_fil, gene_id=351, legend.y=0, legend.x=30) ################################################### ### code chunk number 16: plotRmiR4 (eval = FALSE) ################################################### ## plotRmiRtc(res_fil, gene_id=351, legend.y=0, legend.x=30, svgTips=T)