### R code from vignette source 'vignettes/OCplus/inst/doc/OCplus.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: OCplus.Rnw:44-45 ################################################### options(width=65) ################################################### ### code chunk number 2: OCplus.Rnw:65-66 ################################################### library(OCplus) ################################################### ### code chunk number 3: OCplus.Rnw:74-75 ################################################### ss1 = samplesize(p0=0.95, D=1, crit=0.01) ################################################### ### code chunk number 4: OCplus.Rnw:78-79 ################################################### ss1 ################################################### ### code chunk number 5: OCplus.Rnw:87-88 ################################################### samplesize(p0=0.95, D=1, crit=0.01) ################################################### ### code chunk number 6: OCplus.Rnw:100-101 ################################################### TOC(n=20, p0=0.95, D=1, alpha=FALSE, legend=TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: OCplus.Rnw:112-116 ################################################### set.seed(123) simdat = MAsim(ng=10000, n=10, p0=0.95, D=1, sigma=1) dim(simdat) colnames(simdat) ################################################### ### code chunk number 8: OCplus.Rnw:124-126 ################################################### sim1 = EOC(simdat, colnames(simdat)) sim1[1:5,] ################################################### ### code chunk number 9: OCplus.Rnw:131-132 ################################################### topDE(sim1, co=0.1) ################################################### ### code chunk number 10: OCplus.Rnw:136-137 ################################################### p0(sim1) ################################################### ### code chunk number 11: OCplus.Rnw:143-144 ################################################### plot(sim1) ################################################### ### code chunk number 12: OCplus.Rnw:153-155 ################################################### sim2 = fdr1d(simdat, colnames(simdat), verb=FALSE) sim2[1:5,] ################################################### ### code chunk number 13: OCplus.Rnw:160-161 ################################################### summary(sim2) ################################################### ### code chunk number 14: OCplus.Rnw:166-167 ################################################### topDE(sim2, co=0.1) ################################################### ### code chunk number 15: OCplus.Rnw:172-173 ################################################### plot(sim2) ################################################### ### code chunk number 16: OCplus.Rnw:183-185 ################################################### sim3 = fdr2d(simdat, colnames(simdat), p0=p0(sim2), verb=FALSE) sim3[1:5,] ################################################### ### code chunk number 17: OCplus.Rnw:193-195 ################################################### plot(sim2) lines(average.fdr(sim3), lty=2) ################################################### ### code chunk number 18: OCplus.Rnw:202-204 ################################################### summary(sim3) topDE(sim3, co=0.1) ################################################### ### code chunk number 19: OCplus.Rnw:211-212 ################################################### plot(sim3) ################################################### ### code chunk number 20: OCplus.Rnw:225-226 ################################################### OCshow(sim1, sim2, sim3, legend=c("FDR","fdr1d","fdr2d")) ################################################### ### code chunk number 21: OCplus.Rnw:236-239 ################################################### tt = tstatistics(simdat, colnames(simdat)) tt[1:10,] tm = tMixture(tt, nq=3) ################################################### ### code chunk number 22: OCplus.Rnw:242-243 ################################################### tm$p0.est ################################################### ### code chunk number 23: OCplus.Rnw:246-248 ################################################### tMixture(tt, nq=3, p0=0.80)$p0.est tMixture(tt, nq=3, p0=0.60)$p0.est ################################################### ### code chunk number 24: OCplus.Rnw:253-256 ################################################### tm2 = tMixture(tt, nq=5) tm2$p0.est tm2$p0.raw ################################################### ### code chunk number 25: OCplus.Rnw:259-261 ################################################### tm2$p1 tm2$delta