### R code from vignette source 'vignettes/MiRaGE/inst/doc/MiRaGE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: MiRaGE.Rnw:122-126 ################################################### library(MiRaGE) data(gene_exp) library(Biobase) result <- MiRaGE(gene_exp,location="web",species="HS") ################################################### ### code chunk number 2: MiRaGE.Rnw:140-142 ################################################### data(gene_exp) gene_exp ################################################### ### code chunk number 3: MiRaGE.Rnw:167-169 ################################################### x_gene <- read.csv(system.file("extdata/x_all_7a.csv",package="MiRaGE"),sep="\t") x_gene[101:103,] ################################################### ### code chunk number 4: MiRaGE.Rnw:175-178 ################################################### gene_exp <- new("ExpressionSet",expr=data.matrix(x_gene[,-1])) fData(gene_exp)[["gene_id"]] <- x_gene[,1] pData(gene_exp)[["sample_name"]] <- colnames(x_gene)[-1] ################################################### ### code chunk number 5: MiRaGE.Rnw:191-192 ################################################### result$P1[1:3,] ################################################### ### code chunk number 6: MiRaGE.Rnw:205-207 ################################################### require(humanStemCell) data(fhesc) ################################################### ### code chunk number 7: MiRaGE.Rnw:211-214 ################################################### pData(fhesc)[["sample_name"]] <- c("neg.1","neg.2","neg.3", "pos.1","pos.2","pos.3") fData(fhesc)[["gene_id"]] <-rownames(exprs(fhesc)) ################################################### ### code chunk number 8: MiRaGE.Rnw:217-219 ################################################### require(MiRaGE) result <- MiRaGE(fhesc,location="web",species="HS",ID="affy_hg_u133a_2") ################################################### ### code chunk number 9: MiRaGE.Rnw:222-223 ################################################### result$P0[order(result$P0[,2])[1:5],] ################################################### ### code chunk number 10: MiRaGE.Rnw:231-234 ################################################### require(beadarrayExampleData) data(exampleBLData) data(exampleSummaryData) ################################################### ### code chunk number 11: MiRaGE.Rnw:246-251 ################################################### vv <- exampleSummaryData[,1:12] fData(vv)[["gene_id"]] <- fData(exampleSummaryData)[["IlluminaID"]] pData(vv)[["sample_name"]] <- c("neg.1","neg.2","neg.3","neg.4", "neg.5","neg.6","brain.1","brain.2","brain.3","brain.4","brain.5","brain.6") result <- MiRaGE(vv,species="HS",ID="illumina_humanwg_6_v3") ################################################### ### code chunk number 12: MiRaGE.Rnw:254-255 ################################################### result$P1[order(result$P1[,2])[1:5],] ################################################### ### code chunk number 13: MiRaGE.Rnw:283-284 ################################################### save(file="TBL2",TBL2) ################################################### ### code chunk number 14: MiRaGE.Rnw:287-288 ################################################### load("TBL2") ################################################### ### code chunk number 15: MiRaGE.Rnw:291-292 (eval = FALSE) ################################################### ## result <- MiRaGE(...,species_force=F) ################################################### ### code chunk number 16: MiRaGE.Rnw:301-305 ################################################### library(MiRaGE) data(gene_exp) library(Biobase) result <- MiRaGE(gene_exp,species="HS") ################################################### ### code chunk number 17: UnevaluatedCode (eval = FALSE) ################################################### ## TBL2_HS_gen() ################################################### ### code chunk number 18: UnevaluatedCode (eval = FALSE) ################################################### ## TBL2_MM_gen() ################################################### ### code chunk number 19: UnevaluatedCode (eval = FALSE) ################################################### ## id_conv_gen(SP="MM") ################################################### ### code chunk number 20: UnevaluatedCode (eval = FALSE) ################################################### ## id_conv_gen(SP="HS") ################################################### ### code chunk number 21: UnevaluatedCode (eval = FALSE) ################################################### ## HS_conv_id() ################################################### ### code chunk number 22: UnevaluatedCode (eval = FALSE) ################################################### ## MM_conv_id() ################################################### ### code chunk number 23: MiRaGE.Rnw:345-346 ################################################### p.adjust(result$P1[,2],method="BH") ################################################### ### code chunk number 24: MiRaGE.Rnw:350-351 ################################################### result$P1[,1][p.adjust(result$P1[,2],method="BH")<0.05]