### R code from vignette source 'vignettes/MassArray/inst/doc/MassArray.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: MassArray.Rnw:51-52 ################################################### library(MassArray) ################################################### ### code chunk number 2: MassArray.Rnw:54-56 ################################################### data.path <- system.file("extdata", package="MassArray") initial.path <- getwd() ################################################### ### code chunk number 3: fig1 ################################################### results <- ampliconPrediction("AAAATTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTCCGACAAAA") results ################################################### ### code chunk number 4: fig2 ################################################### ampliconPrediction("AAAA>TTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTC(CG)ACCCTGTCCAGGGGCACTCCATATTTTCC" sequence <- paste(sequence, "TACCTGTCCCTCTTTGCTTGTAAAAACAAATTAAACAGGGA", sep="") sequence <- paste(sequence, "TCCCAGCAACTTCGGGGCATGTGTGTAACTGTGCAAGGAGC", sep="") sequence <- paste(sequence, "GCGAAGCCCAGAGCATCGCCCTAGAGTTCGGGCCGCAGCTG", sep="") sequence <- paste(sequence, "CAGAGGCACATCTGGAAAAGGGGGAGGGGTCGAAGCGGAGG", sep="") sequence <- paste(sequence, "GGACAAGAAGCCCCCAAACGACTAGCTTCTGGGTGCAGAGT", sep="") sequence <- paste(sequence, "CTGTGTCAC(CG)GGGGTTAGTTACCTGTCCTACGTTGATG", sep="") sequence <- paste(sequence, "AATCCGTACTTGCTGGCTATGCGGTCTGCCTCCGCGAATCC", sep="") sequence <- paste(sequence, "GC(CG)GC