### R code from vignette source 'vignettes/GeneSelector/inst/doc/GeneSelector.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: preliminaries ################################################### library(GeneSelector) ################################################### ### code chunk number 2: preliminaries ################################################### library(GeneSelector) ################################################### ### code chunk number 3: GeneSelector.rnw:119-124 ################################################### data(toydata) y <- as.numeric(toydata[1,]) x <- as.matrix(toydata[-1,]) dim(x) table(y) ################################################### ### code chunk number 4: GeneSelector.rnw:130-132 ################################################### par(mfrow=c(2,2)) for(i in 1:4) boxplot(x[i,]~y, main=paste("Gene", i)) ################################################### ### code chunk number 5: GeneSelector.rnw:141-142 ################################################### ordT <- RankingTstat(x, y, type="unpaired") ################################################### ### code chunk number 6: GeneSelector.rnw:148-155 ################################################### getSlots("GeneRanking") str(ordT) show(ordT) toplist(ordT) ################################################### ### code chunk number 7: GeneSelector.rnw:168-170 ################################################### loo <- GenerateFoldMatrix(y = y, k=1) show(loo) ################################################### ### code chunk number 8: GeneSelector.rnw:176-179 ################################################### loor_ordT <- RepeatRanking(ordT, loo) ################################################### ### code chunk number 9: GeneSelector.rnw:184-187 ################################################### ex1r_ordT <- RepeatRanking(ordT, loo, scheme = "labelexchange") ################################################### ### code chunk number 10: GeneSelector.rnw:194-199 ################################################### boot <- GenerateBootMatrix(y = y, maxties=3, minclassize=5, repl=30) show(boot) boot_ordT <- RepeatRanking(ordT, boot) ################################################### ### code chunk number 11: GeneSelector.rnw:203-204 ################################################### noise_ordT <- RepeatRanking(ordT, varlist=list(genewise=TRUE, factor=1/10)) ################################################### ### code chunk number 12: GeneSelector.rnw:209-210 ################################################### toplist(loor_ordT, show=FALSE) ################################################### ### code chunk number 13: GeneSelector.rnw:219-224 ################################################### par(mfrow=c(2,2)) plot(loor_ordT, col="blue", pch=".", cex=2.5, main = "jackknife") plot(ex1r_ordT, col="blue", pch=".", cex=2.5, main = "label exchange") plot(boot_ordT, col="blue", pch=".", cex=2.5, main = "bootstrap") plot(noise_ordT, frac=1/10, col="blue", pch=".", cex=2.5, main = "noise") ################################################### ### code chunk number 14: GeneSelector.rnw:320-325 ################################################### stab_ex1r_ordT <- GetStabilityOverlap(ex1r_ordT, scheme = "original", decay="linear") show(stab_ex1r_ordT) ################################################### ### code chunk number 15: GeneSelector.rnw:332-336 ################################################### summary(stab_ex1r_ordT, measure = "intersection", display = "all", position = 10) summary(stab_ex1r_ordT, measure = "overlapscore", display = "all", position = 10) ################################################### ### code chunk number 16: GeneSelector.rnw:351-352 ################################################### plot(stab_ex1r_ordT, frac = 1, mode = "mean") ################################################### ### code chunk number 17: GeneSelector.rnw:363-369 ################################################### stab_loo_ordT <- GetStabilityDistance(ex1r_ordT, scheme = "original", measure = "spearman", decay="linear") show(stab_loo_ordT) summary(stab_loo_ordT, display = "all") ################################################### ### code chunk number 18: GeneSelector.rnw:380-385 ################################################### BaldiLongT <- RankingBaldiLong(x, y, type="unpaired") FoxDimmicT <- RankingFoxDimmic(x, y, type="unpaired") sam <- RankingSam(x, y, type="unpaired") wilcox <- RankingWilcoxon(x, y, type="unpaired") wilcoxeb <- RankingWilcEbam(x, y, type="unpaired") ################################################### ### code chunk number 19: GeneSelector.rnw:393-396 ################################################### Merged <- MergeMethods(list(ordT, BaldiLongT, FoxDimmicT, sam, wilcox, wilcoxeb)) HeatmapRankings(Merged, ind=1:40) ################################################### ### code chunk number 20: GeneSelector.rnw:409-420 ################################################### AggMean <- AggregateSimple(Merged, measure = "mean") AggMC <- AggregateMC(Merged, type = "MCT", maxrank = 100) GeneSel <- GeneSelector(list(ordT, BaldiLongT, FoxDimmicT, sam, wilcox, wilcoxeb), threshold="user", maxrank=50) show(GeneSel) sel <- sum(slot(GeneSel, "selected")) cbind(mean = toplist(AggMean, top = sel, show = F), MC = toplist(AggMC, top = sel, show = F), GeneSelector = toplist(GeneSel, top = sel, show = F)[,1]) ################################################### ### code chunk number 21: GeneSelector.rnw:436-439 ################################################### plot(GeneSel, which = 1)