### R code from vignette source 'vignettes/GeneGA/inst/doc/GeneGA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: GeneGA.Rnw:68-82 ################################################### library(GeneGA) seqfile=system.file("sequence", "EGFP.fasta", package="GeneGA") aa=read.fasta(seqfile) rscu=uco(unlist(aa), index="rscu") w_value=rscu # w_value is the w table we need computing names(w_value)=names(rscu) names=sapply(names(rscu), function(x) translate(s2c(x))) amino=hash() for(i in unique(names)){ amino[[i]]=max(rscu[which(names==i)]) } for(i in 1:length(names)){ w_value[i]=rscu[[names(rscu)[i]]]/amino[[translate(s2c(names(rscu)[i]))]] } ################################################### ### code chunk number 2: GeneGA.Rnw:88-90 ################################################### seqfile=system.file("sequence", "EGFP.fasta", package="GeneGA") seq=unlist(getSequence(read.fasta(seqfile), as.string=TRUE)) ################################################### ### code chunk number 3: GeneGA.Rnw:93-94 ################################################### GeneGA.result=GeneGA(sequence=seq, popSize=40, iters=150, crossoverRate=0.3, mutationChance=0.05, region=c(1,60), organism="ec", showGeneration=FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: GeneGA.Rnw:97-98 ################################################### show(GeneGA.result) ################################################### ### code chunk number 5: GeneGA.Rnw:101-102 ################################################### plotGeneGA(GeneGA.result, type=1) ################################################### ### code chunk number 6: GeneGA.Rnw:107-108 ################################################### plotGeneGA(GeneGA.result, type=2) ################################################### ### code chunk number 7: GeneGA.Rnw:113-114 ################################################### plotGeneGA(GeneGA.result, type=3)