### R code from vignette source 'vignettes/FunciSNP/inst/doc/FunciSNP_vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: packages ################################################### options(width=80); library(FunciSNP); package.version("FunciSNP"); ################################################### ### code chunk number 2: FunciSNP_vignette.Rnw:204-210 ################################################### ## Full path to the example GWAS SNP regions file for Glioblastoma # (collected from SNPedia on Jan 2012) glioma.snp <- file.path(system.file('extdata', package='FunciSNP'), dir(system.file('extdata',package='FunciSNP'), pattern='.snp$')); gsnp <- read.delim(file=glioma.snp,sep=" ",header=FALSE); gsnp; ################################################### ### code chunk number 3: FunciSNP_vignette.Rnw:228-256 ################################################### ## Full path to the example biological features BED files # derived from the ENCODE project for Glioblastoma U-87 cell lines. glioma.bio <- system.file('extdata',package='FunciSNP'); #user supplied biofeatures as.matrix(list.files(glioma.bio, pattern='.bed$')); #FunciSNP builtin biofeatures as.matrix(list.files(paste(glioma.bio, "/builtInFeatures", sep=""), pattern='.bed$')); nrsf.filename <- list.files(glioma.bio, pattern='.bed$')[1]; pol2.filename <- list.files(glioma.bio, pattern='.bed$')[2]; Ctcf <- ctcf_only Dnase1 <- encode_dnase1_only Dnase1Ctcf <- encode_dnase1_with_ctcf Faire <- encode_faire Promoters <- known_gene_promoters Nrsf <- read.delim(file=paste(glioma.bio, nrsf.filename,sep="/"), sep="\t", header=FALSE); PolII <- read.delim(file=paste(glioma.bio, pol2.filename,sep="/"), sep="\t", header=FALSE); dim(Nrsf); dim(PolII); dim(Ctcf); dim(Dnase1); dim(Dnase1Ctcf); dim(Faire); dim(Promoters); ## Example of what the BED format looks like: head(Nrsf); ################################################### ### code chunk number 4: FunciSNP_vignette.Rnw:270-279 ################################################### ## FunciSNP analysis, extracts correlated SNPs from the ## 1000 genomes db ("ncbi" or "ebi") and finds overlaps between ## correlated SNP and biological features and then ## calculates LD (Rsquare, Dprime, distance, p-value). ## Depending on number of CPUs and internet connection, this step may take ## some time. Please consider using a unix machine to access multiple cores. # glioma <- getFSNPs(snp.regions.file=glioma.snp, bio.features.loc = glioma.bio, # bio.features.TSS=FALSE); ################################################### ### code chunk number 5: FunciSNP_vignette.Rnw:285-287 ################################################### data(glioma); class(glioma); ################################################### ### code chunk number 6: FunciSNP_vignette.Rnw:296-297 ################################################### glioma; ################################################### ### code chunk number 7: FunciSNP_vignette.Rnw:311-312 ################################################### summary(glioma); ################################################### ### code chunk number 8: FunciSNP_vignette.Rnw:339-349 ################################################### glioma.anno <- FunciSNPAnnotateSummary(glioma); class(glioma.anno); gl.anno <- glioma.anno; ## remove rownames for this example section. rownames(gl.anno) <- c(1:length(rownames(gl.anno))) dim(gl.anno); names(gl.anno); head(gl.anno[, c(1:18,20:28)]); summary(gl.anno[, c(1:18,20:28)]); rm(gl.anno); ################################################### ### code chunk number 9: FunciSNP_vignette.Rnw:384-385 ################################################### FunciSNPtable(glioma.anno, rsq=0.44); ################################################### ### code chunk number 10: FunciSNP_vignette.Rnw:393-394 ################################################### FunciSNPtable(glioma.anno, rsq=0.44, geneSum=TRUE); ################################################### ### code chunk number 11: FunciSNP_vignette.Rnw:405-406 ################################################### FunciSNPsummaryOverlaps(glioma.anno) ################################################### ### code chunk number 12: FunciSNP_vignette.Rnw:412-413 ################################################### FunciSNPsummaryOverlaps(glioma.anno, rsq=0.44) ################################################### ### code chunk number 13: FunciSNP_vignette.Rnw:424-430 ################################################### rs6010620 <- FunciSNPidsFromSummary(glioma.anno, tagsnpid="rs6010620", num.features=2, rsq=0.44); #summary(rs6010620); dim(rs6010620); class(rs6010620); ## See FunciSNPbed to visualize this data in a genome browser. ################################################### ### code chunk number 14: FunciSNP_vignette.Rnw:452-455 ################################################### pdf("glioma_dist.pdf") FunciSNPplot(glioma.anno) dev.off() ################################################### ### code chunk number 15: FunciSNP_vignette.Rnw:487-489 ################################################### FunciSNPplot(glioma.anno, splitbysnp=TRUE) ggsave("glioma_dist_bysnp.pdf") ################################################### ### code chunk number 16: FunciSNP_vignette.Rnw:506-509 ################################################### pdf("glioma_heatmap.pdf") FunciSNPplot(glioma.anno, heatmap=TRUE, rsq = 0.1) dev.off() ################################################### ### code chunk number 17: FunciSNP_vignette.Rnw:530-532 ################################################### ## Following will output a series of plots for each biofeature at rsq=0.5 FunciSNPplot(glioma.anno, tagSummary=TRUE, rsq=0.5) ################################################### ### code chunk number 18: FunciSNP_vignette.Rnw:582-585 ################################################### pdf("glioma_genomic_sum_rcut.pdf") FunciSNPplot(glioma.anno, rsq=0.5, genomicSum=TRUE, save=FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 19: FunciSNP_vignette.Rnw:627-630 ################################################### ## will output to current working directory. FunciSNPbed(glioma.anno, rsq=0.22); # FunciSNPbed(rs6010620, rsq=0.5); ################################################### ### code chunk number 20: FunciSNP_vignette.Rnw:665-666 ################################################### toLatex(sessionInfo())