### R code from vignette source 'vignettes/DSS/inst/doc/DSS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: DSS.Rnw:111-120 ################################################### library(DSS) counts1=matrix(rnbinom(300, mu=10, size=10), ncol=3) counts2=matrix(rnbinom(300, mu=50, size=10), ncol=3) X1=cbind(counts1, counts2) ## these are 100 DE genes X2=matrix(rnbinom(11400, mu=10, size=10), ncol=6) X=rbind(X1,X2) designs=c(0,0,0,1,1,1) seqData=newSeqCountSet(X, designs) seqData ################################################### ### code chunk number 2: DSS.Rnw:123-124 ################################################### seqData=estNormFactors(seqData) ################################################### ### code chunk number 3: DSS.Rnw:127-128 ################################################### seqData=estDispersion(seqData) ################################################### ### code chunk number 4: DSS.Rnw:132-134 ################################################### result=waldTest(seqData, 0, 1) head(result,5) ################################################### ### code chunk number 5: DSS.Rnw:139-140 ################################################### sessionInfo()