### R code from vignette source 'vignettes/BrainStars/inst/doc/BrainStars.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: BrainStars.Rnw:70-71 ################################################### library("BrainStars") ################################################### ### code chunk number 2: BrainStars.Rnw:76-77 ################################################### my.eset <- getBrainStars(query = "1439627_at", type = "expression") ################################################### ### code chunk number 3: BrainStars.Rnw:83-86 ################################################### ids <- c("1439627_at", "1439631_at", "1439633_at") my.esets <- getBrainStars(query = ids, type = "expression") my.esets ################################################### ### code chunk number 4: BrainStars.Rnw:90-91 ################################################### my.mat <- exprs(my.esets) ################################################### ### code chunk number 5: BrainStars.Rnw:96-97 ################################################### my.ann <- getBrainStars(query = "1439627_at", type = "probeset") ################################################### ### code chunk number 6: BrainStars.Rnw:103-107 ################################################### getBrainStarsFigure("1439627_at", "exprgraph", "png") getBrainStarsFigure("1439627_at", "exprmap", "png") getBrainStarsFigure("1439627_at", "switchgraph", "pdf") getBrainStarsFigure("1439627_at", "switchhist", "png") ################################################### ### code chunk number 7: BrainStars.Rnw:132-134 ################################################### recep.mat <- getBrainStars(query = "receptor/10,5", type = "search") recep.count <- getBrainStars(query = "receptor/count", type = "search") ################################################### ### code chunk number 8: BrainStars.Rnw:143-144 ################################################### mk.genes.count <- getBrainStars(query = "high/LS/count", type = "marker") ################################################### ### code chunk number 9: BrainStars.Rnw:149-150 ################################################### ms.genes.list <- getBrainStars(query = "low/SCN/all", type = "multistate") ################################################### ### code chunk number 10: BrainStars.Rnw:154-155 ################################################### os.genes.count <- getBrainStars(query = "count", type = "onestate") ################################################### ### code chunk number 11: BrainStars.Rnw:160-163 ################################################### gfc.genes1.count <- getBrainStars(query = "tf//count", type = "genefamily") gfc.genes2.list <- getBrainStars(query = "tf/terminal/all", type = "genefamily") gfc.genes3.count <- getBrainStars(query = "tf/terminal/count", type = "genefamily") ################################################### ### code chunk number 12: BrainStars.Rnw:168-169 ################################################### os.genes <- getBrainStars(query = "high/SCN/ME/all", type = "ntnh")