### R code from vignette source 'vignettes/ArrayTools/inst/doc/ArrayTools.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ArrayTools.Rnw:60-66 ################################################### library(ArrayTools) data(exprsExample) head(exprsExample) dim(exprsExample) data(pDataExample) pDataExample ################################################### ### code chunk number 2: ArrayTools.Rnw:75-78 ################################################### rownames(exprsExample) <- exprsExample$probeset_id eSet <- createExpressionSet (pData=pDataExample, exprs = exprsExample, annotation = "hugene10sttranscriptcluster") dim(eSet) ################################################### ### code chunk number 3: ArrayTools.Rnw:95-98 ################################################### normal <- preProcessGeneST (eSet, output=TRUE) normal dim(normal) ################################################### ### code chunk number 4: ArrayTools.Rnw:115-117 ################################################### data(QC) qaGeneST(normal, c("Treatment", "Group"), QC) ################################################### ### code chunk number 5: ArrayTools.Rnw:134-135 ################################################### filtered <- geneFilter(normal, numChip = 2, bg = 4, iqrPct=0.1, output=TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: ArrayTools.Rnw:149-151 ################################################### design1<- new("designMatrix", target=pData(filtered), covariates = "Treatment") design1 ################################################### ### code chunk number 7: ArrayTools.Rnw:156-158 ################################################### design2<- new("designMatrix", target=pData(filtered), covariates = c("Treatment", "Group")) design2 ################################################### ### code chunk number 8: ArrayTools.Rnw:166-168 ################################################### contrast1 <- new("contrastMatrix", design.matrix = design1, compare1 = "Treated", compare2 = "Control") contrast1 ################################################### ### code chunk number 9: ArrayTools.Rnw:174-176 ################################################### contrast2 <- new("contrastMatrix", design.matrix = design2, compare1 = "Treated", compare2 = "Control") contrast2 ################################################### ### code chunk number 10: ArrayTools.Rnw:184-186 ################################################### result1 <- regress(filtered, contrast1) result2 <- regress(filtered, contrast2) ################################################### ### code chunk number 11: ArrayTools.Rnw:195-197 ################################################### sigResult1 <- selectSigGene(result1, p.value=0.05, fc.value=log2(1.5)) sigResult2 <- selectSigGene(result2, p.value=0.05, fc.value=log2(1.5)) ################################################### ### code chunk number 12: ArrayTools.Rnw:205-207 ################################################### Sort(sigResult1, sorted.by = 'pValue') Sort(sigResult2, sorted.by = 'F') ################################################### ### code chunk number 13: ArrayTools.Rnw:215-217 ################################################### Output2HTML(sigResult1) Output2HTML(sigResult2) ################################################### ### code chunk number 14: ArrayTools.Rnw:229-233 ################################################### designInt <- new("designMatrix", target=pData(filtered), covariates = c("Treatment", "Group"), intIndex=c(1,2)) designInt contrastInt <- new("contrastMatrix", design.matrix = designInt, interaction = TRUE) contrastInt ################################################### ### code chunk number 15: ArrayTools.Rnw:239-241 ################################################### resultInt <- regress(filtered, contrastInt) sigResultInt <-selectSigGene(resultInt, p.value=0.05, fc.value=log2(1.5)) ################################################### ### code chunk number 16: ArrayTools.Rnw:257-259 ################################################### intResult <- postInteraction(filtered, sigResultInt, mainVar ="Treatment", compare1 = "Treated", compare2 = "Control") sigResultInt <- selectSigGeneInt(intResult, pGroup = 0.05, pMain = 0.05) ################################################### ### code chunk number 17: ArrayTools.Rnw:266-267 ################################################### Output2HTML(sigResultInt) ################################################### ### code chunk number 18: ArrayTools.Rnw:275-276 ################################################### createIndex (sigResult1, sigResult2, intResult)