### R code from vignette source 'vignettes/xcms/inst/doc/xcmsDirect.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LoadLib ################################################### library(xcms) library(MassSpecWavelet) ################################################### ### code chunk number 2: LoadData ################################################### library(msdata) mzdatapath <- system.file("fticr", package = "msdata") mzdatafiles <- list.files(mzdatapath, recursive = TRUE, full.names = TRUE) cat("Starting xcmsDirect.Rnw") ################################################### ### code chunk number 3: ProcessData ################################################### data.mean <- "data.mean" xs <- xcmsSet( method="MSW", files=mzdatafiles, scales=c(1,4,9), nearbyPeak=T, verbose.columns = FALSE, winSize.noise=500, SNR.method="data.mean", snthr=10 ) ################################################### ### code chunk number 4: CreateExample ################################################### xs4 <- xcmsSet( method = "MSW", files = mzdatafiles[1], scales = c(1,4, 9), nearbyPeak = T, verbose.columns = FALSE, winSize.noise = 500, SNR.method = "data.mean", snthr = 10) masslist <- xs4@peaks[c(1,4,7),"mz"] xs4@peaks[,"mz"] <- xs4@peaks[,"mz"] + 0.00001*runif(1,0,0.4)*xs4@peaks[,"mz"] + 0.0001 ################################################### ### code chunk number 5: xcmsDirect.Rnw:95-103 ################################################### xs4c <- calibrate(xs4, calibrants=masslist, method="edgeshift", mzabs=0.0001, mzppm=5, neighbours=3, plotres=TRUE ) ################################################### ### code chunk number 6: MzClust ################################################### xsg <- group(xs, method="mzClust") xsg ################################################### ### code chunk number 7: ShowGroups ################################################### groups(xsg)[1:10,] peaks(xsg)[groupidx(xsg)[[1]]] ################################################### ### code chunk number 8: FillPeaks ################################################### groupval(xsg)[1,] xsgf <- fillPeaks(xsg, method="MSW") groupval(xsgf, "medret", "into")[1:10,] ################################################### ### code chunk number 9: AnalysisVisualize ################################################### reporttab <- diffreport(xsgf, "ham4", "ham5", "example", eicmax=4, h=480, w=640) reporttab[1:4,]