### R code from vignette source 'vignettes/ternarynet/inst/doc/ternarynet.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ternarynet.Rnw:43-44 ################################################### library(ternarynet) ################################################### ### code chunk number 2: ternarynet.Rnw:59-65 ################################################### perturbationObj <- matrix(c( 1,0,0,0,0, 0,1,0,0,0, 0,0,1,0,0, 0,0,0,1,0, 0,0,0,0,1),nrow=5,ncol=5,byrow=T) ################################################### ### code chunk number 3: ternarynet.Rnw:67-68 ################################################### perturbationObj ################################################### ### code chunk number 4: ternarynet.Rnw:72-78 ################################################### steadyStateObj<-matrix(c( 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1),nrow=5,ncol=5,byrow=T) ################################################### ### code chunk number 5: ternarynet.Rnw:80-81 ################################################### steadyStateObj ################################################### ### code chunk number 6: ternarynet.Rnw:93-94 ################################################### tnfit <- tnetfit(steadyStateObj, perturbationObj, xSeed=11235) ################################################### ### code chunk number 7: ternarynet.Rnw:100-101 ################################################### plotTraces(tnfit) ################################################### ### code chunk number 8: ternarynet.Rnw:107-108 ################################################### tnpost <- tnetpost(tnfit, xSeed=11235) ################################################### ### code chunk number 9: ternarynet.Rnw:119-121 ################################################### attractorSummary(tnpost) attractorSummary(tnpost, wildtype=FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: ternarynet.Rnw:135-136 ################################################### graphPosterior(tnpost) ################################################### ### code chunk number 11: ternarynet.Rnw:147-148 ################################################### sessionInfo()