### R code from vignette source 'vignettes/segmentSeq/inst/doc/segmentSeq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: segmentSeq.Rnw:25-26 ################################################### library(segmentSeq) ################################################### ### code chunk number 2: segmentSeq.Rnw:31-33 (eval = FALSE) ################################################### ## library(snow) ## cl <- makeCluster(8, "MPI") ################################################### ### code chunk number 3: segmentSeq.Rnw:37-38 ################################################### cl <- NULL ################################################### ### code chunk number 4: segmentSeq.Rnw:43-52 ################################################### chrlens <- c(1e6, 2e5) datadir <- system.file("extdata", package = "segmentSeq") libfiles <- c("SL9.txt", "SL10.txt", "SL26.txt", "SL32.txt") libnames <- c("SL9", "SL10", "SL26", "SL32") replicates <- c("AGO6", "AGO6", "AGO4", "AGO4") aD <- readGeneric(files = libfiles, dir = datadir, replicates = replicates, libnames = libnames, chrs = c(">Chr1", ">Chr2"), chrlens = chrlens, polyLength = 10, header = TRUE, gap = 200) aD ################################################### ### code chunk number 5: segmentSeq.Rnw:57-59 ################################################### sD <- processAD(aD, cl = cl) sD ################################################### ### code chunk number 6: segmentSeq.Rnw:68-70 ################################################### clustSegs <- heuristicSeg(sD = sD, aD = aD, RKPM = 300, largeness = 1e8, cl = cl) clustSegs ################################################### ### code chunk number 7: segmentSeq.Rnw:82-84 ################################################### classSegs <- classifySeg(sD = sD, aD = aD, cD = clustSegs, subRegion = NULL, getLikes = TRUE, lociCutoff = 0.9, nullCutoff = 0.9, cl = cl) classSegs ################################################### ### code chunk number 8: segPlot ################################################### par(mfrow = c(2,1), mar = c(2,6,2,2)) plotGenome(aD, clustSegs, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5), showNumber = FALSE, cap = 50) plotGenome(aD, classSegs, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5), showNumber = FALSE, cap = 50) ################################################### ### code chunk number 9: figSeg ################################################### par(mfrow = c(2,1), mar = c(2,6,2,2)) plotGenome(aD, clustSegs, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5), showNumber = FALSE, cap = 50) plotGenome(aD, classSegs, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5), showNumber = FALSE, cap = 50)