### R code from vignette source 'vignettes/prada/inst/doc/prada2cellHTS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: prepare ################################################### library("cellHTS") ################################################### ### code chunk number 2: readPlateData ################################################### experimentName = "ApoptosisScreen" dataPath = system.file("extdata", package = "prada") x = readPlateData("Platelist.txt", name = experimentName, path = dataPath, verbose = FALSE) x ################################################### ### code chunk number 3: configure ################################################### confFile = file.path(dataPath, "Plateconf.txt") logFile = file.path(dataPath, "Screenlog.txt") descripFile = file.path(dataPath, "Description.txt") x = configure(x, confFile, logFile, descripFile) ################################################### ### code chunk number 4: normalize ################################################### x$xnorm <- -log10(x$xraw) x$state["normalized"] <- TRUE ################################################### ### code chunk number 5: report (eval = FALSE) ################################################### ## geneIDFile = file.path(dataPath, "GeneIDs.txt") ## x = annotate(x, geneIDFile) ## writeReport(x, force = TRUE, plotPlateArgs = list(xrange = c(0.2, ## 1.5), xcol=c("white", "red")), ## imageScreenArgs = list(zrange = c(-2, 6.5), ar = 1))