### R code from vignette source 'vignettes/pcaGoPromoter/inst/doc/pcaGoPromoter.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### options(width=80,digits=6) ################################################### ### code chunk number 2: bioC (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("pcaGoPromoter",dependencies=TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: libPcaGoPromoter ################################################### library("pcaGoPromoter") ################################################### ### code chunk number 4: libSerumStimulation ################################################### library("serumStimulation") data(serumStimulation) ################################################### ### code chunk number 5: groups ################################################### groups <- as.factor( c( rep("control",5) , rep("serumInhib",5) , rep("serumOnly",3) ) ) groups ################################################### ### code chunk number 6: fig1 ################################################### pcaInfoPlot(serumStimulation,groups=groups) ################################################### ### code chunk number 7: pca ################################################### pcaOutput <- pca(serumStimulation) ################################################### ### code chunk number 8: fig2 ################################################### plot(pcaOutput, groups=groups) ################################################### ### code chunk number 9: probeIds ################################################### loadsNegPC2 <- getRankedProbeIds( pcaOutput, pc=2, decreasing=FALSE )[1:1365] ################################################### ### code chunk number 10: GOtree ################################################### GOtreeOutput <- GOtree( input = loadsNegPC2) ################################################### ### code chunk number 11: fig3 ################################################### plot(GOtreeOutput,legendPosition = "bottomright") ################################################### ### code chunk number 12: copyToPdf (eval = FALSE) ################################################### ## dev.copy2pdf(file="GOtree.pdf") ################################################### ### code chunk number 13: printGOtree ################################################### head(GOtreeOutput$sigGOs,n=10) ################################################### ### code chunk number 14: printPrimo ################################################### TFtable <- primo( loadsNegPC2 ) head(TFtable$overRepresented) ################################################### ### code chunk number 15: printPrimeHits ################################################### probeIds <- primoHits( loadsNegPC2 , id = 9343 ) head(probeIds)