### R code from vignette source 'vignettes/netresponse/inst/doc/netresponse.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: initial ################################################### library(netresponse) data(toydata) D <- as.matrix(toydata$emat) netw <- as.matrix(toydata$netw) ################################################### ### code chunk number 2: detect ################################################### model <- detect.responses(D, netw, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 3: stat ################################################### stat <- model.stats(model) stat ################################################### ### code chunk number 4: getsubnets2 ################################################### get.subnets(model, min.size = 2, min.responses = 2) ################################################### ### code chunk number 5: resp ################################################### subnet.id <- 'Subnet-2' response2sample(model, subnet.id) ################################################### ### code chunk number 6: pars ################################################### pars <- get.model.parameters(model, subnet.id) # model parameters pars ################################################### ### code chunk number 7: probs ################################################### response.probabilities <- sample2response(model, subnet.id) ################################################### ### code chunk number 8: findsimilar ################################################### g <- find.similar.features(model, subnet.id = "Subnet-1") subset(g, delta < 0) ################################################### ### code chunk number 9: icmg ################################################### library(netresponse) data(osmo) res <- ICMg.combined.sampler(osmo$ppi, osmo$exp, C=10) res$comp.memb <- ICMg.get.comp.memberships(osmo$ppi, res) res$clustering <- apply(res$comp.memb, 2, which.max) ################################################### ### code chunk number 10: visu1 ################################################### subnet.id <- "Subnet-2" # specify the subnet to visualize vis <- plot.responses(model, subnet.id) ################################################### ### code chunk number 11: netresponse.Rnw:214-215 ################################################### plot.scale(vis$breaks, vis$palette) ################################################### ### code chunk number 12: details ################################################### sessionInfo()