### R code from vignette source 'vignettes/hopach/inst/doc/hopach.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: golub ################################################### library(hopach) data(golub) ################################################### ### code chunk number 2: geneSelection ################################################### vars<-apply(golub,1,var) subset<-vars>quantile(vars,(nrow(golub)-200)/nrow(golub)) golub.subset<-golub[subset,] dim(golub.subset) gnames.subset<-golub.gnames[subset,] ################################################### ### code chunk number 3: distance ################################################### gene.dist<-distancematrix(golub.subset,"cosangle") dim(gene.dist) ################################################### ### code chunk number 4: hopachGene ################################################### gene.hobj<-hopach(golub.subset,dmat=gene.dist) gene.hobj$clust$k table(gene.hobj$clust$labels) gene.hobj$clust$sizes ################################################### ### code chunk number 5: dplot (eval = FALSE) ################################################### ## dplot(gene.dist,gene.hobj,ord="final",main="Golub AML/ALL Data (1999): Gene Distance Matrix",showclusters=FALSE) ################################################### ### code chunk number 6: bootstrap ################################################### bobj<-boothopach(golub.subset,gene.hobj,B=100) ################################################### ### code chunk number 7: bootplot (eval = FALSE) ################################################### ## bootplot(bobj,gene.hobj,ord="bootp",main="Golub AML/ALL Data (1999)",showclusters=FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: classes (eval = FALSE) ################################################### ## table(golub.cl) ################################################### ### code chunk number 9: hopachArray ################################################### array.hobj<-hopach(t(golub.subset),d="euclid") array.hobj$clust$k ################################################### ### code chunk number 10: output (eval = FALSE) ################################################### ## makeoutput(golub.subset,gene.hobj,bobj,file="Golub.out",gene.names=gnames.subset[,3]) ################################################### ### code chunk number 11: fuzzy (eval = FALSE) ################################################### ## boot2fuzzy(golub.subset,bobj,gene.hobj,array.hobj,file="GolubFuzzy",gene.names=gnames.subset[,3]) ################################################### ### code chunk number 12: hierarchical (eval = FALSE) ################################################### ## hopach2tree(golub.subset,file="GolubTree",hopach.genes=gene.hobj,hopach.arrays=NULL,dist.genes=gene.dist,gene.names=gnames.subset[,3])