### R code from vignette source 'vignettes/geneplotter/inst/doc/byChroms.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loaddata ################################################### library("annotate") library("hu6800.db") lens <- unlist(eapply(hu6800CHR, length)) table(lens) wh2 = mget(names(lens)[lens==2], env = hu6800CHR) wh2[1] ################################################### ### code chunk number 2: fixdata ################################################### chrs2 <- unlist(eapply(hu6800CHR, function(x) x[1])) chrs2 <- factor(chrs2) length(chrs2) table(unlist(chrs2)) ################################################### ### code chunk number 3: strandloc ################################################### strand <- as.list(hu6800CHRLOC) splits <- split(strand, chrs2) length(splits) names(splits) ################################################### ### code chunk number 4: chrloc ################################################### newChrClass <- buildChromLocation("hu6800") ################################################### ### code chunk number 5: cPlot ################################################### library(geneplotter) cPlot(newChrClass)