### R code from vignette source 'vignettes/flowFP/inst/doc/flowFP_HowTo.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadPackage ################################################### library(flowFP) ################################################### ### code chunk number 2: ShowData ################################################### data(fs1) fs1 ################################################### ### code chunk number 3: ShowTube ################################################### fs1[[1]] ################################################### ### code chunk number 4: Model ################################################### mod <- flowFPModel(fs1, name="CD45/SS Model", parameters=c(2,5), nRecursions=7) show(mod) ################################################### ### code chunk number 5: PlotModel ################################################### plot(mod) ################################################### ### code chunk number 6: Fingerprint ################################################### fp <- flowFP (fs1, mod) show(fp) plot (fp, type="stack") ################################################### ### code chunk number 7: Plex1 ################################################### data(fs2) mod1 <- flowFPModel(fs1, name="CD45/SS Model vs fs1", parameters=c("SS Log", "FL3 Log"), nRecursions=7) mod2 <- flowFPModel(fs2, name="CD45/SS Model vs fs2", parameters=c("SS Log", "FL3 Log"), nRecursions=7) fp1_1 <- flowFP (fs1, mod1) fp1_2 <- flowFP (fs1, mod2) plex <- flowFPPlex(c(fp1_1, fp1_2)) plot (plex, type='grid', vert_scale=10) ################################################### ### code chunk number 8: Plex2 ################################################### fp <- flowFP (fs1, param=c("SS Log", "FL3 Log"), nRecursions=8) plex <- flowFPPlex() for (levels in 8:5) { nRecursions(fp) <- levels plex <- append (plex, fp) } plot (plex, type="tangle", transformation="norm") ################################################### ### code chunk number 9: QC1 ################################################### fp1 <- flowFP (fs1, parameters=c("SS Log", "FL3 Log"), name="self model: fs1", nRecursions=5) plot (fp1, type="qc", main="Gate QC for Sample fs1") ################################################### ### code chunk number 10: QC2 ################################################### fp2 <- flowFP (fs2, parameters=c("SS Log", "FL3 Log"), name="self model: fs2", nRecursions=5) plot (fp2, type="qc", main="Gate QC for Sample fs2") ################################################### ### code chunk number 11: Subsample ################################################### phenoData(fs2)$Tube <- factor(1:7) #$ for (i in 1:7) { exprs(fs2[[i]]) = exprs(fs2[[i]])[sample(1:nrow(fs2[[i]]),size=2500),] } fp2 <- flowFP (fs2, param=c(2,5), nRec=5) ################################################### ### code chunk number 12: FvizFigure ################################################### xyplot (`FL3 Log` ~ `SS Log` | Tube, data=fs2) ################################################### ### code chunk number 13: flowFP_HowTo.Rnw:493-494 ################################################### plot(trellis.last.object()) ################################################### ### code chunk number 14: QC3 ################################################### plot (fp2, fs2, hi=5, showbins=c(6,7,10,11), pch=20, cex=.3, transformation='norm') ################################################### ### code chunk number 15: QC4 ################################################### data(plate) fp <- flowFP (plate, parameters=c("SSC-H","FL3-H","FL4-H"), nRecursions=5) plot (fp, type='plate')