### R code from vignette source 'vignettes/cummeRbund/inst/doc/cummeRbund-example-workflow.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: init ################################################### options(width=65) ################################################### ### code chunk number 2: loadLib ################################################### library(cummeRbund) ################################################### ### code chunk number 3: read ################################################### cuff <- readCufflinks(dir=system.file("extdata", package="cummeRbund")) cuff ################################################### ### code chunk number 4: model_fit_1 ################################################### d<-dispersionPlot(genes(cuff)) d ################################################### ### code chunk number 5: model_fit_1_plot ################################################### d<-dispersionPlot(genes(cuff)) d print(d) ################################################### ### code chunk number 6: rep_boxplot_1 ################################################### pBoxRep<-csBoxplot(genes(cuff),replicates=T) pBoxRep ################################################### ### code chunk number 7: rep_dendro_1 ################################################### pDendro<-csDendro(genes(cuff),replicates=T) pDendro ################################################### ### code chunk number 8: rep_boxplot_1_plot ################################################### pBoxRep<-csBoxplot(genes(cuff),replicates=T) pBoxRep print(pBoxRep) ################################################### ### code chunk number 9: rep_dendro_1_plot ################################################### pDendro<-csDendro(genes(cuff),replicates=T) pDendro print(pDendro) ################################################### ### code chunk number 10: boxplot_1 ################################################### pBox<-csBoxplot(genes(cuff)) pBox ################################################### ### code chunk number 11: boxplot_1_plot ################################################### pBox<-csBoxplot(genes(cuff)) pBox print(pBox) ################################################### ### code chunk number 12: diff_exp_genes_1 ################################################### sigGeneIds<-getSig(cuff,alpha=0.05,level="genes") head(sigGeneIds) length(sigGeneIds) ################################################### ### code chunk number 13: diff_exp_genes_2 ################################################### hESCvsFibroblast.sigGeneIds<-getSig(cuff,"hESC","Fibroblasts",alpha=0.05,level="genes") head(hESCvsFibroblast.sigGeneIds) length(hESCvsFibroblast.sigGeneIds) ################################################### ### code chunk number 14: diff_exp_genes_3 ################################################### sigGenes<-getGenes(cuff,sigGeneIds) sigGenes ################################################### ### code chunk number 15: diff_exp_feat_1 ################################################### sigGeneIds<-getSig(cuff,alpha=0.05,level="isoforms") head(sigGeneIds) length(sigGeneIds) ################################################### ### code chunk number 16: ind_gene_1 ################################################### Pink1<-getGene(cuff,'PINK1') Pink1