### R code from vignette source 'vignettes/SAGx/inst/doc/samroc-ex.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: samroc-ex.Rnw:63-69 ################################################### library("SAGx") library("multtest") data(golub) set.seed(849867) samroc.res <- samrocN(data = golub, formula = ~as.factor(golub.cl)) show(samroc.res) ################################################### ### code chunk number 2: dummyex3 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(samroc.res) ################################################### ### code chunk number 3: samroc-ex.Rnw:83-85 ################################################### par(bg = "cornsilk") plot(samroc.res) ################################################### ### code chunk number 4: samroc-ex.Rnw:99-102 ################################################### par(bg = "cornsilk") hist(samroc.res@pvalues, xlab = "p-value", main ="", col = 'orange', freq = F) print(abline(samroc.res@p0,0, col = 'red')) ################################################### ### code chunk number 5: samroc-ex.Rnw:110-116 ################################################### par(bg = "cornsilk") fdrs <- pava.fdr(ps = samroc.res@pvalues) plot(samroc.res@pvalues, fdrs$pava.local.fdr, type = 'n', xlab = "p-value", ylab = "False Discovery Rate (FDR)") lines(lowess(samroc.res@pvalues, fdrs$pava.local.fdr), col = 'red') lines(lowess(samroc.res@pvalues, fdrs$pava.fdr), col = 'blue') legend(0.1,0.9,pch=NULL,col=c("red","blue"),c("pava local FDR","pava FDR"),lty = 1) ################################################### ### code chunk number 6: samroc-ex.Rnw:127-133 ################################################### library("hu6800.db") kegg <- as.list(hu6800PATH2PROBE) probeset <- golub.gnames[,3] GSEA.mean.t(samroc = samroc.res, probeset = probeset, pway = kegg[1], type = "original", two.side = FALSE)