### R code from vignette source 'vignettes/RMAPPER/inst/doc/readMAPPER.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### library(RMAPPER) options(warn=-1, width=75, digits=2, scipen=3, "prompt" = "R> ", "continue" = " ") ################################################### ### code chunk number 2: install (eval = FALSE) ################################################### ## library(RMAPPER) ################################################### ### code chunk number 3: factortable (eval = FALSE) ################################################### ## rmapperFactorTable("*") ################################################### ### code chunk number 4: AbaA (eval = FALSE) ################################################### ## rmapperFactorTable("AbaA") ################################################### ### code chunk number 5: Ab (eval = FALSE) ################################################### ## rmapperFactorTable("Ab") ################################################### ### code chunk number 6: example1 ################################################### mh = readMAPPER(gene="NM_009696", perc="95", models="M00027") mh query(mh) hits(mh) ################################################### ### code chunk number 7: example2 ################################################### mh = readMAPPER(gene="NM_009696", score="3", models="M00027,M00442") mh query(mh) hits(mh) ################################################### ### code chunk number 8: help (eval = FALSE) ################################################### ## rmapperHelp()