### R code from vignette source 'vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: OLIN.Rnw:53-54 ################################################### library(OLIN) ################################################### ### code chunk number 2: OLIN.Rnw:88-90 (eval = FALSE) ################################################### ## data(sw) ## fgbg.visu(sw[,3]) ################################################### ### code chunk number 3: OLIN.Rnw:95-97 ################################################### data(sw) fgbg.visu(sw[,3]) ################################################### ### code chunk number 4: OLIN.Rnw:112-113 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(maA(sw[,3]),maM(sw[,3]),xlab="A",ylab="M") ################################################### ### code chunk number 5: OLIN.Rnw:119-121 ################################################### par(cex.lab=0.6) plot(maA(sw[,3]),maM(sw[,3]),xlab="A",ylab="M",pch='.') ################################################### ### code chunk number 6: OLIN.Rnw:129-131 (eval = FALSE) ################################################### ## mxy.plot(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw), ## Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ################################################### ### code chunk number 7: OLIN.Rnw:137-139 ################################################### mxy.plot(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw), Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ################################################### ### code chunk number 8: OLIN.Rnw:152-154 (eval = FALSE) ################################################### ## data(sw.xy) ## mxy.abs.plot(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ################################################### ### code chunk number 9: OLIN.Rnw:160-163 ################################################### data(sw.xy) mxy.abs.plot(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ################################################### ### code chunk number 10: OLIN.Rnw:179-183 (eval = FALSE) ################################################### ## data(sw.xy) ## mxy2.plot(maM(sw)[,3],X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3], ## Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ## ################################################### ### code chunk number 11: OLIN.Rnw:189-193 ################################################### data(sw.xy) mxy2.plot(maM(sw)[,3],X=sw.xy$X[,3],sw.xy$Y[,3], Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ################################################### ### code chunk number 12: OLIN.Rnw:302-303 ################################################### norm.olin <- olin(sw[,3],X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3]) ################################################### ### code chunk number 13: OLIN.Rnw:314-319 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(maA(norm.olin),maM(norm.olin),main="OLIN",pch=".") ## ## mxy.plot(maM(norm.olin),Ngc=maNgc(norm.olin),Ngr=maNgr(norm.olin), ## Nsc=maNsc(norm.olin),Nsr=maNsr(norm.olin),main="OLIN") ## ################################################### ### code chunk number 14: OLIN.Rnw:327-330 ################################################### par(cex.main=0.8) par(cex.lab =0.8) plot(maA(norm.olin),maM(norm.olin),main="OLIN",pch=".") ################################################### ### code chunk number 15: OLIN.Rnw:341-344 ################################################### mxy.plot(maM(norm.olin),Ngc=maNgc(norm.olin),Ngr=maNgr(norm.olin), Nsc=maNsc(norm.olin),Nsr=maNsr(norm.olin),main="OLIN") ################################################### ### code chunk number 16: OLIN.Rnw:356-362 (eval = FALSE) ################################################### ## norm.olin.1 <- olin(sw[,3],X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3],iter=1) ## norm.olin.2 <- olin(norm.olin.1,X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3],iter=1) ## norm.olin.3 <- olin(norm.olin.2,X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3],iter=1) ## ## M <- cbind(maM(sw)[,3],maM(norm.olin.1),maM(norm.olin.2),maM(norm.olin.3)) ## pairs(M,labels= c("raw","1.Iter.","2.Iter.","3.Iter.")) ################################################### ### code chunk number 17: OLIN.Rnw:384-385 ################################################### norm.oslin <- olin(sw[,3],X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3],alpha=c(0.1,1,0.1),OSLIN=TRUE) ################################################### ### code chunk number 18: OLIN.Rnw:395-400 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(maA(norm.oslin),maM(norm.oslin),main="OSLIN",pch=".") ## ## mxy.plot(maM(norm.oslin),Ngc=maNgc(norm.oslin),Ngr=maNgr(norm.oslin), ## Nsc=maNsc(norm.oslin),Nsr=maNsr(norm.oslin),main="OSLIN") ## ################################################### ### code chunk number 19: OLIN.Rnw:408-411 ################################################### par(cex.main=0.8) par(cex.lab =0.8) plot(maA(norm.oslin),maM(norm.oslin),main="OSLIN",pch=".") ################################################### ### code chunk number 20: OLIN.Rnw:432-435 ################################################### mxy.plot(maM(norm.oslin),Ngc=maNgc(norm.oslin),Ngr=maNgr(norm.oslin), Nsc=maNsc(norm.oslin),Nsr=maNsr(norm.oslin),main="OSLIN") ################################################### ### code chunk number 21: OLIN.Rnw:488-515 (eval = FALSE) ################################################### ## ## ## data(sw.olin) ## ## # DISTRIBUTION OF LOGGED RATIOS BEFORE BETWEEN-ARRAY-SCALING ## col <- c("red","blue","green","orange") ## M <- maM(sw.olin) ## ## ## plot(density(M[,4]),col=col[4],xlim=c(-2,2)) ## for (i in 1:3){ ## lines(density(M[,i]),col=col[i]) ## } ## ## ## # BETWEEN-ARRAY SCALING ## sw.olin.s <- bas(sw.olin,mode="var") ## ## ## # VISUALISATION ## M <- maM(sw.olin.s) ## plot(density(M[,4]),col=col[4],xlim=c(-2,2)) ## for (i in 1:3){ ## lines(density(M[,i]),col=col[i]) ## } ## ## ################################################### ### code chunk number 22: OLIN.Rnw:523-532 ################################################### data(sw.olin) par(cex.main =0.8) par(cex.lab=0.8) col <- c("red","blue","green","orange") M <- maM(sw.olin) plot(density(M[,4]),col=col[4],xlim=c(-2,2)) for (i in 1:3){ lines(density(M[,i]),col=col[i]) } ################################################### ### code chunk number 23: OLIN.Rnw:541-550 ################################################### sw.olin.s <- bas(sw.olin,mode="var") par(cex.main = 0.8) par(cex.lab = 0.8) M <- maM(sw.olin.s) plot(density(M[,4]),col=col[4],xlim=c(-2,2)) for (i in 1:3){ lines(density(M[,i]),col=col[i]) } ################################################### ### code chunk number 24: OLIN.Rnw:584-590 ################################################### A <- maA(sw[,3]) M <- maM(sw[,3]) # Averaging Mav <- ma.vector(A,M,av="median",delta=50) # Correlation cor(Mav,M,use="pairwise.complete.obs") ################################################### ### code chunk number 25: OLIN.Rnw:595-603 ################################################### # From Vector to Matrix MM <- v2m(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw),visu=FALSE) # Averaging of matrix M MMav <- ma.matrix(MM,av="median",delta= 2,edgeNA=FALSE) # Backconversion to vector Mav <- m2v(MMav,Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw),visu=FALSE) # Correlation cor(Mav,M,use="pairwise.complete.obs") ################################################### ### code chunk number 26: OLIN.Rnw:618-619 ################################################### print(anovaint(sw,index=3,N=10)) ################################################### ### code chunk number 27: OLIN.Rnw:622-624 ################################################### data(sw.olin) print(anovaint(sw.olin,index=3,N=10)) ################################################### ### code chunk number 28: OLIN.Rnw:638-639 (eval = FALSE) ################################################### ## anovaspatial(sw,index=3,xN=8,yN=8,visu=TRUE) ################################################### ### code chunk number 29: OLIN.Rnw:642-643 (eval = FALSE) ################################################### ## anovaspatial(sw.olin,index=3,xN=8,yN=8,visu=TRUE) ################################################### ### code chunk number 30: OLIN.Rnw:648-649 ################################################### s <- anovaspatial(sw,index=3,xN=8,yN=8,visu=TRUE) ################################################### ### code chunk number 31: OLIN.Rnw:657-658 ################################################### s <- anovaspatial(sw.olin,index=3,xN=8,yN=8,visu=TRUE) ################################################### ### code chunk number 32: OLIN.Rnw:675-676 ################################################### print(anovapin(sw.olin,index=3)) ################################################### ### code chunk number 33: OLIN.Rnw:680-681 ################################################### print(anovaplate(sw.olin,index=3)) ################################################### ### code chunk number 34: OLIN.Rnw:718-720 (eval = FALSE) ################################################### ## FDR <- fdr.int(maA(sw)[,3],maM(sw)[,3],delta=50,N=10,av="median") ## sigint.plot(maA(sw)[,3],maM(sw)[,3],FDR$FDRp,FDR$FDRn,c(-5,-5)) ################################################### ### code chunk number 35: OLIN.Rnw:727-729 ################################################### FDR <- fdr.int(maA(sw)[,3],maM(sw)[,3],delta=50,N=10,av="median") sigint.plot(maA(sw)[,3],maM(sw)[,3],FDR$FDRp,FDR$FDRn,c(-5,-5)) ################################################### ### code chunk number 36: OLIN.Rnw:737-740 (eval = FALSE) ################################################### ## data(sw.olin) ## FDR <- fdr.int(maA(sw.olin)[,3],maM(sw.olin)[,3],delta=50,N=10,av="median") ## sigint.plot(maA(sw.olin)[,3],maM(sw.olin)[,3],FDR$FDRp,FDR$FDRn,c(-5,-5)) ################################################### ### code chunk number 37: OLIN.Rnw:747-750 ################################################### data(sw.olin) FDR <- fdr.int(maA(sw.olin)[,3],maM(sw.olin)[,3],delta=50,N=10,av="median") sigint.plot(maA(sw.olin)[,3],maM(sw.olin)[,3],FDR$FDRp,FDR$FDRn,c(-5,-5)) ################################################### ### code chunk number 38: OLIN.Rnw:764-769 (eval = FALSE) ################################################### ## M <- v2m(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw), ## Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw),main="MXY plot of SW-array 1") ## ## FDR <- fdr.spatial(M,delta=2,N=10,av="median",edgeNA=TRUE) ## sigxy.plot(FDR$FDRp,FDR$FDRn,color.lim=c(-5,5),main="FDR") ################################################### ### code chunk number 39: OLIN.Rnw:777-782 ################################################### M <- v2m(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw), Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw),main="MXY plot of SW-array 1") FDR <- fdr.spatial(M,delta=2,N=10,av="median",edgeNA=TRUE) sigxy.plot(FDR$FDRp,FDR$FDRn,color.lim=c(-5,5),main="FDR") ################################################### ### code chunk number 40: OLIN.Rnw:789-793 (eval = FALSE) ################################################### ## M<- v2m(maM(sw.olin)[,3],Ngc=maNgc(sw.olin),Ngr=maNgr(sw.olin), ## Nsc=maNsc(sw.olin),Nsr=maNsr(sw.olin),main="MXY plot of SW-array 1") ## FDR <- fdr.spatial(M,delta=2,N=10,av="median",edgeNA=TRUE) ## sigxy.plot(FDR$FDRp,FDR$FDRn,color.lim=c(-5,5),main="FDR") ################################################### ### code chunk number 41: OLIN.Rnw:799-803 ################################################### M<- v2m(maM(sw.olin)[,3],Ngc=maNgc(sw.olin),Ngr=maNgr(sw.olin), Nsc=maNsc(sw.olin),Nsr=maNsr(sw.olin),main="MXY plot of SW-array 1") FDR <- fdr.spatial(M,delta=2,N=10,av="median",edgeNA=TRUE) sigxy.plot(FDR$FDRp,FDR$FDRn,color.lim=c(-5,5),main="FDR")