### R code from vignette source 'vignettes/Gviz/inst/doc/Gviz.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: init ################################################### options(width=65) library(xtable) source(system.file("scripts/documentation.R", package="Gviz")) xtabDetails <- details addParTable <- function(class, skip=c("showTitle", "size", "background.title"), add=NULL) { Parameters <- data.frame("Display Parameter"=names(xtabDetails[[class]]), "Description"=xtabDetails[[class]], check.names=FALSE) align <- "lrp{5in}" if(!is.null(add)){ Parameters <- cbind(Parameters, add) align <- c("lp{4in}", "lp{4in}", "lp{4in}", "lp{4in}") } Parameters <- Parameters[order(Parameters[,1]),] Parameters <- apply(Parameters, 2, function(x) gsub("_", "\\_", x, fixed=TRUE)) rownames(Parameters) <- gsub("_", "\\_", rownames(Parameters), fixed=TRUE) sel <- Parameters[,1] %in% skip Parameters[,2] <- gsub("\\code{\\linkS4class{", "\\Rclass{{", Parameters[,2], fixed=TRUE) print(xtable(Parameters[!sel,], align=align), sanitize.text.function=function(x) x, include.rownames=FALSE, floating=FALSE, tabular.environment="longtable") return(invisible()) } hasUcscConnection <- !is(try(rtracklayer::browserSession(), silent=TRUE), "try-error") hasBiomartConnection <- !is(try(biomaRt::listMarts(), silent=TRUE), "try-error") ################################################### ### code chunk number 2: loadPackage ################################################### library(Gviz) ################################################### ### code chunk number 3: AnnotationTrack ################################################### library(GenomicRanges) data(cpgIslands) class(cpgIslands) chr <- as.character(unique(seqnames(cpgIslands))) gen <- genome(cpgIslands) atrack <- AnnotationTrack(cpgIslands, name="CpG") ################################################### ### code chunk number 4: plotAnnotationTrack ################################################### plotTracks(atrack) ################################################### ### code chunk number 5: GenomeAxisTrack ################################################### gtrack <- GenomeAxisTrack() ################################################### ### code chunk number 6: plotGenomeAxisTrack ################################################### plotTracks(list(gtrack, atrack)) ################################################### ### code chunk number 7: showIdeogramTrack (eval = FALSE) ################################################### ## itrack <- IdeogramTrack(genome=gen, chromosome=chr) ################################################### ### code chunk number 8: doIdeogramTrack ################################################### if(hasUcscConnection){ itrack <- IdeogramTrack(genome=gen, chromosome=chr) }else{ data(itrack) } ################################################### ### code chunk number 9: plotIdeogramTrack ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack)) ################################################### ### code chunk number 10: GeneRegionTrack ################################################### data(geneModels) grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome=gen, chromosome=chr, name="Gene Model") plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack)) ################################################### ### code chunk number 11: zooming ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack), from=25e6, to=28e6) ################################################### ### code chunk number 12: zooming2 ################################################### library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) strack <- SequenceTrack(Hsapiens, chromosome=chr) plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack, strack), from=26450430, to=26450490, cex=0.8) ################################################### ### code chunk number 13: DataTrack ################################################### set.seed(255) lim <- c(26463500, 26495000) coords <- sort(c(lim[1], sample(seq(from=lim[1], to=lim[2]), 99), lim[2])) dat <- runif(100, min=-10, max=10) dtrack <- DataTrack(data=dat, start=coords[-length(coords)], end=coords[-1], chromosome=chr, genome=gen, name="Uniform") plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack, dtrack), from=lim[1], to=lim[2]) ################################################### ### code chunk number 14: DataTrackHist ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack, dtrack), from=lim[1], to=lim[2], type="histogram") ################################################### ### code chunk number 15: displayPars1 ################################################### grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome=gen, chromosome=chr, name="Gene Model", showId=TRUE, background.title="brown") head(displayPars(grtrack)) displayPars(grtrack) <- list(background.panel="#FFFEDB") head(displayPars(grtrack)) plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack), from=lim[1], to=lim[2]) ################################################### ### code chunk number 16: displayPars2 ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack), from=lim[1]-1000, to=lim[2], background.panel="#FFFEDB", background.title="darkblue") ################################################### ### code chunk number 17: displayPars3 ################################################### dp <- availableDisplayPars(grtrack) tail(dp) ################################################### ### code chunk number 18: GenomeAxisTrackClass1 ################################################### axisTrack <- GenomeAxisTrack() plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6) ################################################### ### code chunk number 19: GenomeAxisTrackClass2 ################################################### axisTrack <- GenomeAxisTrack(range=IRanges(start=c(2e6, 4e6), end=c(3e6, 7e6))) plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6) ################################################### ### code chunk number 20: GenomeAxisTrackClass3 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, add53=TRUE, add35=TRUE) ################################################### ### code chunk number 21: GenomeAxisTrackClass4 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, add53=TRUE, add35=TRUE, littleTicks=TRUE) ################################################### ### code chunk number 22: GenomeAxisTrackClass5 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, exponent=4) ################################################### ### code chunk number 23: GenomeAxisTrackClass6 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, labelPos="below") ################################################### ### code chunk number 24: GenomeAxisTrackClass7 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, scale=0.5) ################################################### ### code chunk number 25: GenomeAxisTrackClass8 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, scale=0.5, labelPos="below") ################################################### ### code chunk number 26: GenomeAxisTrackClassTable ################################################### addParTable("GenomeAxisTrack") ################################################### ### code chunk number 27: IdeogramTrackClass1Show (eval = FALSE) ################################################### ## ideoTrack <- IdeogramTrack(genome="hg19", chromosome="chrX") ## plotTracks(ideoTrack, from=85e6, to=129e6) ################################################### ### code chunk number 28: IdeogramTrackClass1Do ################################################### if(hasUcscConnection){ ideoTrack <- IdeogramTrack(genome="hg19", chromosome="chrX") }else{ data(itrack) } plotTracks(ideoTrack, from=85e6, to=129e6) ################################################### ### code chunk number 29: IdeogramTrackClass2 ################################################### plotTracks(ideoTrack, from=85e6, to=129e6, showId=FALSE) ################################################### ### code chunk number 30: IdeogramTrackClassTable ################################################### addParTable("IdeogramTrack") ################################################### ### code chunk number 31: DataClass1 ################################################### data(twoGroups) dTrack <- DataTrack(twoGroups, name="uniform") plotTracks(dTrack) ################################################### ### code chunk number 32: