### R code from vignette source 'vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: CGHcall.Rnw:50-53 ################################################### library(CGHcall) data(Wilting) Wilting <- make_cghRaw(Wilting) ################################################### ### code chunk number 2: CGHcall.Rnw:65-66 ################################################### cghdata <- preprocess(Wilting, maxmiss=30, nchrom=22) ################################################### ### code chunk number 3: CGHcall.Rnw:75-77 ################################################### norm.cghdata <- normalize(cghdata, method="median", smoothOutliers=TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: CGHcall.Rnw:89-92 ################################################### norm.cghdata <- norm.cghdata[,1:2] seg.cghdata <- segmentData(norm.cghdata, method="DNAcopy",undo.splits="sdundo",undo.SD=3, clen=10, relSDlong=5) ################################################### ### code chunk number 5: CGHcall.Rnw:97-98 ################################################### postseg.cghdata <- postsegnormalize(seg.cghdata) ################################################### ### code chunk number 6: CGHcall.Rnw:106-108 ################################################### tumor.prop <- c(0.75, 0.9) result <- CGHcall(postseg.cghdata,nclass=5,cellularity=tumor.prop) ################################################### ### code chunk number 7: CGHcall.Rnw:113-114 ################################################### result <- ExpandCGHcall(result,postseg.cghdata) ################################################### ### code chunk number 8: CGHcall.Rnw:122-123 ################################################### plot(result[,1]) ################################################### ### code chunk number 9: CGHcall.Rnw:129-130 ################################################### plot(result[,2]) ################################################### ### code chunk number 10: CGHcall.Rnw:139-140 ################################################### summaryPlot(result) ################################################### ### code chunk number 11: CGHcall.Rnw:149-150 ################################################### frequencyPlotCalls(result)