### R code from vignette source 'vignettes/BSgenome/inst/doc/BSgenomeForge.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: BSgenomeForge.Rnw:162-165 ################################################### library(Biostrings) file <- system.file("extdata", "ce2chrM.fa", package="BSgenome") fasta.info(file) ################################################### ### code chunk number 2: BSgenomeForge.Rnw:494-499 ################################################### library(BSgenome) seed_files <- system.file("extdata", "GentlemanLab", package="BSgenome") list.files(seed_files, pattern="-seed$") rn4_seed <- list.files(seed_files, pattern="rn4", full.names=TRUE) cat(readLines(rn4_seed), sep="\n") ################################################### ### code chunk number 3: BSgenomeForge.Rnw:512-514 (eval = FALSE) ################################################### ## library(BSgenome) ## forgeBSgenomeDataPkg("path/to/my/seed") ################################################### ### code chunk number 4: BSgenomeForge.Rnw:545-546 ################################################### sessionInfo()