### R code from vignette source 'vignettes/ppiStats/inst/doc/ppiStats.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadlibs ################################################### library("ppiStats") library("ppiData") ################################################### ### code chunk number 2: getGavinData ################################################### data(Gavin2002BPGraph) data(Gavin2006BPGraph) GavinGraphs = list(Gavin02=Gavin2002BPGraph,Gavin06=Gavin2006BPGraph) GavinGraphs ################################################### ### code chunk number 3: summaryTables ################################################### summaryTables = createSummaryTables(GavinGraphs) summaryTables ################################################### ### code chunk number 4: viabilityCharts ################################################### viabilityCharts(GavinGraphs) ################################################### ### code chunk number 5: findVBVPVBPsets ################################################### GavinViableProteins = lapply(GavinGraphs,FUN=idViableProteins) sapply(GavinViableProteins,FUN=function(x) lapply(x,FUN=length)) Gavin06VBPproteins = GavinViableProteins[["Gavin06"]]$VBP Gavin06VBPproteins[1:4] ################################################### ### code chunk number 6: inOutScatterCharts ################################################### inOutScatterCharts(GavinGraphs) ################################################### ### code chunk number 7: sepSystematicStochastic ################################################### systematicVBPsGavin06 = idSystematic(Gavin2006BPGraph,Gavin06VBPproteins,bpGraph=TRUE) unbiasedGavin06VBPs = setdiff(Gavin06VBPproteins,systematicVBPsGavin06) Gavin06VBPsubgraph = subGraph(unbiasedGavin06VBPs,Gavin2006BPGraph) Gavin06VBPsubgraph ################################################### ### code chunk number 8: estimateStochasticErrorProbabilities ################################################### data(ScISIC) Gavin06m = as(Gavin06VBPsubgraph,"matrix") errorProbabilities = estimateCCMErrorRates(Gavin06m,ScISIC) pTPestimate = errorProbabilities$globalpTP pFPestimate =errorProbabilities$globalpFP solutionManifold = errorProbabilities$probPairs pTPestimate pFPestimate ################################################### ### code chunk number 9: plotErrorEstimates ################################################### plot(solutionManifold[,"pFPs"],solutionManifold[,"pFNs"],type="l",col="violet",xlab="pFP",ylab="1-pTP") points(pFPestimate,1-pTPestimate,cex=3,pch=8,col="turquoise") ################################################### ### code chunk number 10: inoutStats ################################################### Gavin06VBPobserved = calcInOutDegStats(Gavin06VBPsubgraph) Gavin06VBPobserved$unrecipInDegree[5:10] Gavin06VBPobserved$unrecipOutDegree[5:10] Gavin06VBPobserved$recipIn[5:10] ################################################### ### code chunk number 11: estimateDegree ################################################### Gavin06VBPdegree = degreeEstimates(Gavin06m,pTPestimate,pFPestimate) Gavin06VBPdegree[5:10] ################################################### ### code chunk number 12: sessionInfo ################################################### sessionInfo()