### R code from vignette source 'vignettes/maigesPack/inst/doc/maigesPack_tutorial.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: maigesPack_tutorial.Rnw:138-140 ################################################### library(maigesPack) data(gastro) ################################################### ### code chunk number 2: maigesPack_tutorial.Rnw:148-149 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro = loadData(fileConf="load_gastro.conf") ################################################### ### code chunk number 3: maigesPack_tutorial.Rnw:159-161 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro = addGeneGrps(gastro, folder="geneGrps", ext="txt") ## gastro = addPaths(gastro, folder="geneNets", ext="tgf") ################################################### ### code chunk number 4: maigesPack_tutorial.Rnw:181-185 ################################################### gastro.raw = createMaigesRaw(gastro, greenDataField="Ch1.Mean", greenBackDataField="Ch1.B.Mean", redDataField="Ch2.Mean", redBackDataField="Ch2.B.Mean", flagDataField="Flags", gLabelGrp="GeneName", gLabelPath="GeneName") ################################################### ### code chunk number 5: WAplot1 ################################################### plot(gastro.raw[,1], bkgSub="none") ################################################### ### code chunk number 6: image1 ################################################### image(gastro.raw[,1]) ################################################### ### code chunk number 7: maigesPack_tutorial.Rnw:233-235 (eval = FALSE) ################################################### ## boxplot(gastro.raw[,2]) ## boxplot(gastro.raw) ################################################### ### code chunk number 8: hierRaw ################################################### hierM(gastro.raw, rmGenes=c("BLANK","DAP","LYS","PHE", "Q_GENE","THR","TRP"), sLabelID="Sample", gLabelID="Name", doHeat=FALSE) ################################################### ### code chunk number 9: maigesPack_tutorial.Rnw:267-269 ################################################### gastro.raw2 = selSpots(gastro.raw, sigNoise=1, rmFlag=NULL, gLabelsID="Name", remove=list(c("BLANK","DAP","LYS","PHE","Q_GENE","THR","TRP"))) ################################################### ### code chunk number 10: maigesPack_tutorial.Rnw:282-283 ################################################### gastro.norm = normLoc(gastro.raw2, span=0.4, method="loess") ################################################### ### code chunk number 11: maigesPack_tutorial.Rnw:293-295 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro.norm = normOLIN(gastro.raw2) ## gastro.norm = normRepLoess(gastro.raw2) ################################################### ### code chunk number 12: maigesPack_tutorial.Rnw:303-304 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro.norm = normScaleMarray(gastro.norm, norm="printTipMAD") ################################################### ### code chunk number 13: maigesPack_tutorial.Rnw:310-311 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro.norm = normScaleMarray(gastro.norm, norm="globalMAD") ################################################### ### code chunk number 14: maigesPack_tutorial.Rnw:318-319 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro.norm = normScaleLimma(gastro.norm, method="scale") ################################################### ### code chunk number 15: maigesPack_tutorial.Rnw:327-328 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro.norm = normScaleLimma(gastro.raw2, method="vsn") ################################################### ### code chunk number 16: WAplot1N ################################################### plot(gastro.norm[,1]) ################################################### ### code chunk number 17: hierNorm ################################################### hierM(gastro.norm, rmGenes=c("BLANK","DAP","LYS","PHE", "Q_GENE","THR","TRP"), sLabelID="Sample", gLabelID="Name", doHeat=FALSE) ################################################### ### code chunk number 18: maigesPack_tutorial.Rnw:370-373 ################################################### gastro.summ = summarizeReplicates(gastro.norm, gLabelID="GeneName", sLabelID="Sample", funcS="mean", funcG="median", keepEmpty=FALSE, rmBad=FALSE) ################################################### ### code chunk number 19: maigesPack_tutorial.Rnw:408-410 ################################################### gastro.ttest = deGenes2by2Ttest(gastro.summ, sLabelID="Type") gastro.ttest ################################################### ### code chunk number 20: maigesPack_tutorial.Rnw:418-420 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro.wilcox = deGenes2by2Wilcox(gastro.summ, sLabelID="Type") ## gastro.boot = deGenes2by2BootT(gastro.summ, sLabelID="Type") ################################################### ### code chunk number 21: maigesPack_tutorial.Rnw:426-428 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(gastro.ttest) ## tablesDE(gastro.ttest) ################################################### ### code chunk number 22: som20 ################################################### somMde(gastro.ttest, sLabelID="Type", adjP="BH", nDEgenes=20, xdim=2, ydim=1, topol="rect") ################################################### ### code chunk number 23: maigesPack_tutorial.Rnw:463-464 ################################################### gastro.ANOVA = designANOVA(gastro.summ, factors="Tissue") ################################################### ### code chunk number 24: maigesPack_tutorial.Rnw:469-471 ################################################### gastro.ANOVAfit = deGenesANOVA(gastro.ANOVA, retF=TRUE) gastro.ANOVAfit ################################################### ### code chunk number 25: maigesPack_tutorial.Rnw:476-477 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro.ANOVAfit = deGenesANOVA(gastro.ANOVA, retF=FALSE) ################################################### ### code chunk number 26: Bplot ################################################### boxplot(gastro.ANOVAfit, name="KLK13", gLabelID="GeneName", sLabelID="Tissue") ################################################### ### code chunk number 27: maigesPack_tutorial.Rnw:528-531 ################################################### gastro.class = classifyLDA(gastro.summ, sLabelID="Type", gNameID="GeneName", nGenes=3, geneGrp=6) gastro.class ################################################### ### code chunk number 28: maigesPack_tutorial.Rnw:540-543 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro.class = classifyLDA(gastro.summ, sLabelID="Tissue", ## gNameID="GeneName", nGenes=3, geneGrp=6, ## facToClass=list(Norm=c("Neso","Nest"), Ade=c("Aeso","Aest"))) ################################################### ### code chunk number 29: maigesPack_tutorial.Rnw:550-552 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(gastro.class, idx=1) ## tableClass(gastro.class) ################################################### ### code chunk number 30: maigesPack_tutorial.Rnw:577-579 ################################################### gastro.mod = activeMod(gastro.summ, sLabelID="Tissue", cutExp=1, cutPhiper=0.05) ################################################### ### code chunk number 31: maigesPack_tutorial.Rnw:585-586 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(gastro.mod, "S", margins=c(15,3)) ################################################### ### code chunk number 32: Mod ################################################### plot(gastro.mod, "C", margins=c(23,5)) ################################################### ### code chunk number 33: maigesPack_tutorial.Rnw:625-627 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro.net = relNetworkB(gastro.summ, sLabelID="Tissue", ## samples="Neso", geneGrp=1) ################################################### ### code chunk number 34: maigesPack_tutorial.Rnw:636-638 (eval = FALSE) ################################################### ## image(gastro.net) ## plot(gastro.net, cutPval=0.05) ################################################### ### code chunk number 35: maigesPack_tutorial.Rnw:651-653 (eval = FALSE) ################################################### ## gastro.net2 = relNetworkM(gastro.summ, sLabelID="Tissue", ## samples = list(Neso="Neso", Aeso="Aeso"), geneGrp=7) ################################################### ### code chunk number 36: maigesPack_tutorial.Rnw:660-662 (eval = FALSE) ################################################### ## image(gastro.net2) ## plot(gastro.net2, cutPval=0.05) ################################################### ### code chunk number 37: maigesPack_tutorial.Rnw:669-670 (eval = FALSE) ################################################### ## plotGenePair(gastro.net2, "KLK13", "EVPL") ################################################### ### code chunk number 38: maigesPack_tutorial.Rnw:688-689 ################################################### gastro.net = activeNet(gastro.summ, sLabelID="Tissue") ################################################### ### code chunk number 39: Score ################################################### plot(gastro.net, type="score", margins=c(21,5)) ################################################### ### code chunk number 40: Pvalues ################################################### plot(gastro.net, type="p-value", margins=c(21,5))