### R code from vignette source 'vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: maSigPro-tutorial.Rnw:64-65 ################################################### library(maSigPro) # load maSigPro library ################################################### ### code chunk number 2: maSigPro-tutorial.Rnw:105-107 ################################################### data(data.abiotic) data(edesign.abiotic) ################################################### ### code chunk number 3: maSigPro-tutorial.Rnw:110-111 ################################################### edesign.abiotic ################################################### ### code chunk number 4: maSigPro-tutorial.Rnw:139-140 ################################################### design <- make.design.matrix(edesign.abiotic, degree = 2) ################################################### ### code chunk number 5: maSigPro-tutorial.Rnw:147-148 ################################################### design$groups.vector ################################################### ### code chunk number 6: maSigPro-tutorial.Rnw:159-161 ################################################### fit <- p.vector(data.abiotic, design, Q = 0.05, MT.adjust = "BH", min.obs = 20) ################################################### ### code chunk number 7: maSigPro-tutorial.Rnw:179-180 ################################################### tstep <- T.fit(fit, step.method = "backward", alfa = 0.05) ################################################### ### code chunk number 8: maSigPro-tutorial.Rnw:220-222 ################################################### sigs <- get.siggenes(tstep, rsq = 0.6, vars = "groups") sigs$summary ################################################### ### code chunk number 9: maSigPro-tutorial.Rnw:227-229 ################################################### names(sigs$sig.genes) names(sigs$sig.genes$ColdvsControl) ################################################### ### code chunk number 10: venn1 ################################################### suma2Venn(sigs$summary[, c(2:4)]) ################################################### ### code chunk number 11: maSigPro-tutorial.Rnw:256-257 ################################################### STMDE66 <- data.abiotic[rownames(data.abiotic)=="STMDE66", ] ################################################### ### code chunk number 12: plotGroups1 ################################################### PlotGroups (STMDE66, edesign = edesign.abiotic) ################################################### ### code chunk number 13: plotGroups2 ################################################### PlotGroups (STMDE66, edesign = edesign.abiotic, show.fit = T, dis = design$dis, groups.vector = design$groups.vector)