### R code from vignette source 'vignettes/deepSNV/inst/doc/deepSNV.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: deepSNV.Rnw:59-60 ################################################### print(citation("deepSNV"), "LaTeX") ################################################### ### code chunk number 2: deepSNV.Rnw:69-71 ################################################### library(deepSNV) regions <- data.frame(chr="B.FR.83.HXB2_LAI_IIIB_BRU_K034", start = 2074, stop=3585) ################################################### ### code chunk number 3: deepSNV.Rnw:83-85 ################################################### data(HIVmix) # Attach the data instead, as it could fail in routine checks without internet connection. show(HIVmix) ################################################### ### code chunk number 4: deepSNV.Rnw:88-90 ################################################### control(HIVmix)[100:110,] test(HIVmix)[100:110,] ################################################### ### code chunk number 5: HIV ################################################### plot(HIVmix) ################################################### ### code chunk number 6: deepSNV.Rnw:104-108 ################################################### SNVs <- summary(HIVmix, sig.level=0.05, adjust.method="BH") head(SNVs) nrow(SNVs) min(SNVs$freq.var) ################################################### ### code chunk number 7: deepSNV.Rnw:112-113 ################################################### sum(RF(test(HIVmix), total=T) > 0.01 & RF(test(HIVmix), total=T) < 0.95) ################################################### ### code chunk number 8: deepSNV.Rnw:117-119 ################################################### data(trueSNVs, package="deepSNV") table(p.adjust(p.val(HIVmix), method="BH") < 0.05, trueSNVs) ################################################### ### code chunk number 9: phiX ################################################### data(phiX, package="deepSNV") jpeg("deepSNV-phiX.jpg", 2.5, 2.5, units="in", res=600, pointsize=7) par(mar=c(4,4,1,1), bty="n") plot(phiX, cex.min=.5) dev.off() ################################################### ### code chunk number 10: phiN ################################################### phiN <- normalize(phiX, round=TRUE) jpeg("deepSNV-phiN.jpg", 2.5, 2.5, units="in", res=600, pointsize=7) par(mar=c(4,4,1,1), bty="n") plot(phiN, cex.min=.5) dev.off() ################################################### ### code chunk number 11: pval ################################################### p.norm <- p.val(phiN) n <- sum(!is.na(p.norm)) qqplot(p.norm, seq(1/n,1, length.out=n), log="xy", type="S", xlab="P-value", ylab="CDF") p.val <- p.val(phiX) points(sort(p.val[!is.na(p.val)]), seq(1/n,1, length.out=n), pch=16, col="grey", type="S", lty=2) legend("topleft", c("raw data", "normalized data"), pch=16, col=c("grey", "black"), bty="n", lty=3) abline(0,1) ################################################### ### code chunk number 12: deepSNV.Rnw:199-201 ################################################### data("RCC", package="deepSNV") show(RCC) ################################################### ### code chunk number 13: RCC-bin ################################################### jpeg("deepSNV-RCC-bin.jpg", 2.5, 2.5, units="in", res=600, pointsize=7) par(mar=c(4,4,1,1), bty="n") plot(RCC, cex.min=.5) dev.off() ################################################### ### code chunk number 14: deepSNV.Rnw:221-222 ################################################### RCC.bb = estimateDispersion(RCC, alternative="two.sided") ################################################### ### code chunk number 15: RCC-bb ################################################### jpeg("deepSNV-RCC-bb.jpg", 2.5, 2.5, units="in", res=600, pointsize=7) par(mar=c(4,4,1,1), bty="n") plot(RCC.bb, cex.min=.5) dev.off() ################################################### ### code chunk number 16: deepSNV.Rnw:232-236 ################################################### RCC.bb@log.lik RCC@log.lik RCC.bb@log.lik - RCC@log.lik log(4*nrow(test(RCC))) ################################################### ### code chunk number 17: deepSNV.Rnw:242-243 ################################################### summary(RCC, adjust.method="bonferroni")[,1:6] ################################################### ### code chunk number 18: deepSNV.Rnw:247-249 ################################################### tab <- summary(RCC.bb, adjust.method="bonferroni")[,1:6] tab ################################################### ### code chunk number 19: deepSNV.Rnw:258-259 ################################################### toLatex(sessionInfo())