### R code from vignette source 'vignettes/cnvGSA/inst/doc/cnvGSA-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: workflow.outline.1 ################################################### library("cnvGSA") slotNames("CnvGSAInput") ################################################### ### code chunk number 2: workflow.outline.2 ################################################### library("cnvGSAdata") data("cnvGSA_input_example") ls() class(input) slotNames(input) ################################################### ### code chunk number 3: workflow.outline.3 ################################################### data("cnvGSA_output_example") ls() class(output) slotNames(output) ################################################### ### code chunk number 4: Loading.CNV.data.1 ################################################### str( cnvData(input), strict.width="cut" ) ################################################### ### code chunk number 5: Loading.cnvData.from.files.1 ################################################### cnvData_demo <- list() cnvFile <- system.file( "extdata", "cnv.gvf", package="cnvGSAdata" ) cnvData_demo$cnv <- readGVF( cnvFile ) rm(cnvFile) head(cnvData_demo$cnv) ################################################### ### code chunk number 6: Loading.cnvData.from.files.2 (eval = FALSE) ################################################### ## genemapFile <- system.file( ## "extdata", ## "merge_00k_flank_hg18_refGene_jun_2011_exon.gff", ## package = "cnvGSAdata" ## ) ## fields <- read.table ( ## genemapFile, ## sep = "\t", ## comment.char = "", ## quote = "\"", ## header = FALSE, ## stringsAsFactors = FALSE ## ) ## genemap <- data.frame( ## Chr = fields[,1], ## Coord_i = fields[,4], ## Coord_f = fields[,5], ## GeneID = fields[,11], ## stringsAsFactors = FALSE ## ) ## genemap$Chr <- sub( genemap$Chr, pattern = "chr", replacement = "" ) ## ## cnvData_demo$gsep <- ";" ## cnvData_demo$cnv$Genes <- getCnvGenes( cnv=cnvData$cnv, genemap=genemap, ## delim=cnvData_demo$gsep ) ## rm( genemapFile, fields, genemap ) ################################################### ### code chunk number 7: Loading.cnvData.from.files.3 (eval = FALSE) ################################################### ## s2classFile <- system.file( "extdata", "s2class.txt", package="cnvGSAdata" ) ## cnvData_demo$s2class <- read.table( ## s2classFile, ## sep = "\t", ## col.names = c("SampleID", "Class"), ## stringsAsFactors = FALSE ## ) ## rm(s2classFile) ################################################### ### code chunk number 8: Loading.gene.sets.1 ################################################### str( gsData(input), list.len=4 ) ################################################### ### code chunk number 9: readGMT (eval = FALSE) ################################################### ## gsDataFile <- system.file( "extdata", "gsData.gmt", package="cnvGSAdata" ) ## gsData_demo <- readGMT( gsDataFile ) ## rm(gsDataFile) ################################################### ### code chunk number 10: Loading.gene.annotations.1 ################################################### str( geneData(input), strict.width="cut" ) ################################################### ### code chunk number 11: Loading.annotations.from.org.Hs.eg.db ################################################### library( "org.Hs.eg.db" ) ann <- list( gene2sy = character(0), gene2name = character(0) ) x <- org.Hs.egSYMBOL mapped_genes <- mappedkeys(x) ann$gene2sy <- unlist( as.list( x[mapped_genes] ) ) x <- org.Hs.egGENENAME mapped_genes <- mappedkeys(x) ann$gene2name <- unlist( as.list( x[mapped_genes] ) ) geneData_demo <- list(ann) rm( ann, x, mapped_genes ) ################################################### ### code chunk number 12: Configuring.test.parameters.1 ################################################### str( params(input) ) ################################################### ### code chunk number 13: Configuring.test.parameters.2 ################################################### paramFile <- system.file( "scripts", "params_example.R", package="cnvGSA" ) params_demo <- readParamsRFile( paramFile ) rm(paramFile) ################################################### ### code chunk number 14: Configuring.test.parameters.3 (eval = FALSE) ################################################### ## cnvData_demo$filters <- params_demo$filters ################################################### ### code chunk number 15: Running.the.association.test.1 (eval = FALSE) ################################################### ## input_demo <- CnvGSAInput( ## cnvData = cnvData_demo, ## gsData = gsData_demo, ## geneData = geneData_demo, ## params = params_demo ## ) ## rm( cnvData_demo, gsData_demo, geneData_demo, params_demo ) ################################################### ### code chunk number 16: Running.the.association.test (eval = FALSE) ################################################### ## output <- cnvGSAFisher( input ) ################################################### ### code chunk number 17: slotNames.output ################################################### slotNames(output) ################################################### ### code chunk number 18: enrRes ################################################### str( enrRes(output), max.level=1 ) ################################################### ### code chunk number 19: enrRes.extended ################################################### str( enrRes(output)$extended, max.level=1, strict.width="cut" ) ################################################### ### code chunk number 20: FET.permFDR ################################################### which( enrRes(output)$basic$FET_permFDR <= 0.01 ) ################################################### ### code chunk number 21: top20 ################################################### head( enrRes(output)$extended[ , c("FET_pv","FET_OR","FET_bhFDR","FET_permFDR", "Topgene")], 20 ) ################################################### ### code chunk number 22: enrRes.geneData ################################################### str( geneData(output), strict.width="wrap" ) ################################################### ### code chunk number 23: geneData.gcounts ################################################### head( geneData(output)$gcounts[ , -3] ) ################################################### ### code chunk number 24: gstables ################################################### str( enrRes(output)$gstables, max.level=1, list.len=5 ) ################################################### ### code chunk number 25: gstables.dataframe ################################################### options(width=160) enrRes(output)$gstables[[2]][10:19,] ################################################### ### code chunk number 26: burdenSample ################################################### burdenSample(output) ################################################### ### code chunk number 27: burdenGs ################################################### burdenGs(output)