### R code from vignette source 'vignettes/betr/inst/doc/betr.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### options(width=60) options(continue=" ") options(prompt="R> ") ################################################### ### code chunk number 2: loadData ################################################### library(betr) library(Biobase) data("timeEset") pData(timeEset)[1:15,] ################################################### ### code chunk number 3: runBETR ################################################### prob <- betr(eset=timeEset, cond=pData(timeEset)$strain, timepoint=pData(timeEset)$time, replicate=pData(timeEset)$rep, alpha=0.05) head(prob) ################################################### ### code chunk number 4: betr.Rnw:76-77 ################################################### sessionInfo()