### R code from vignette source 'vignettes/arrayQualityMetrics/inst/doc/arrayQualityMetrics.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: arrayQualityMetrics.Rnw:117-121 ################################################### options(error = recover, warn = 2) options(bitmapType = "cairo") .HaveDummy = !interactive() if(.HaveDummy) pdf("dummy.pdf") ################################################### ### code chunk number 2: DataLoading ################################################### library("ALLMLL") data("MLL.A") ################################################### ### code chunk number 3: AffyBatchQM ################################################### library("arrayQualityMetrics") arrayQualityMetrics(expressionset = MLL.A[, 1:5], outdir = "Report_for_MLL_A", force = TRUE, do.logtransform = TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: Normalisation ################################################### nMLL = rma(MLL.A) ################################################### ### code chunk number 5: ExpressionSet ################################################### arrayQualityMetrics(expressionset = nMLL, outdir = "Report_for_nMLL", force = TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: NChannelSet ################################################### library("vsn") library("CCl4") data("CCl4") nCCl4 = justvsn(CCl4, subsample = 15000) arrayQualityMetrics(expressionset = nCCl4, outdir = "Report_for_nCCl4", force = TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: intgroup1 ################################################### pData(nMLL)$condition = rep(letters[1:4], times = 5) pData(nMLL)$batch = rep(paste(1:4), each = 5) ################################################### ### code chunk number 8: intgroup2 ################################################### arrayQualityMetrics(expressionset = nMLL, outdir = "Report_for_nMLL_with_factors", force = TRUE, intgroup = c("condition", "batch")) ################################################### ### code chunk number 9: XYcoordinates ################################################### featureData(nCCl4)$X = featureData(nCCl4)$Row featureData(nCCl4)$Y = featureData(nCCl4)$Column ################################################### ### code chunk number 10: hasTarget ################################################### featureData(nCCl4)$hasTarget = (regexpr("^NM", featureData(nCCl4)$Name) > 0) table(featureData(nCCl4)$hasTarget) ################################################### ### code chunk number 11: pData ################################################### pd = pData(CCl4) rownames(pd) = NULL pd ################################################### ### code chunk number 12: RIN ################################################### RIN = with(pd, ifelse( Cy3=="CCl4", RIN.Cy3, RIN.Cy5)) fRIN = factor(RIN) levels(fRIN) = c("poor", "medium", "good") pData(nCCl4)$"RNA-integrity" = fRIN ################################################### ### code chunk number 13: NChannelSet ################################################### arrayQualityMetrics(expressionset = nCCl4, outdir = "Report_for_nCCl4_with_RIN", force = TRUE, intgroup = "RNA-integrity") ################################################### ### code chunk number 14: arrayQualityMetrics.Rnw:388-389 ################################################### if(.HaveDummy) dev.off() ################################################### ### code chunk number 15: pkgs ################################################### toLatex(sessionInfo())