### R code from vignette source 'vignettes/arrayQualityMetrics/inst/doc/aqm.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: aqm.Rnw:27-31 ################################################### options(error=recover) options(bitmapType = "cairo") .HaveDummy = !interactive() if(.HaveDummy) pdf("dummy.pdf") ################################################### ### code chunk number 2: loading ################################################### library("arrayQualityMetrics") library("ALLMLL") data("MLL.A") ################################################### ### code chunk number 3: DataPreparation ################################################### preparedData = prepdata(expressionset = MLL.A, intgroup = c(), do.logtransform = TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: aqm.Rnw:91-92 (eval = FALSE) ################################################### ## ?aqm.boxplot ################################################### ### code chunk number 5: metrics ################################################### bo = aqm.boxplot(preparedData) de = aqm.density(preparedData) qm = list("Boxplot" = bo, "Density" = de) ################################################### ### code chunk number 6: booutliers ################################################### bo@outliers ################################################### ### code chunk number 7: shortReport ################################################### outdir = tempdir() aqm.writereport(modules = qm, reporttitle = "My example", outdir = outdir, arrayTable = pData(MLL.A)) outdir ################################################### ### code chunk number 8: aqm.Rnw:166-167 ################################################### if(.HaveDummy) dev.off() ################################################### ### code chunk number 9: pkgs ################################################### toLatex(sessionInfo())