### R code from vignette source 'vignettes/affycoretools/inst/doc/affycoretools_biomaRt.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: affycoretools_biomaRt.Rnw:95-97 (eval = FALSE) ################################################### ## library(affycoretools) ## eset <- justRMA(cdfname = "hsfocushsentrezgcdf") ################################################### ### code chunk number 2: affycoretools_biomaRt.Rnw:100-102 ################################################### library(affycoretools) load("exprSet2.Rdata") ################################################### ### code chunk number 3: affycoretools_biomaRt.Rnw:111-118 ################################################### library(limma) design <- model.matrix(~ 0 + factor(rep(1:4, each = 3))) colnames(design) <- LETTERS[1:4] contrast <- makeContrasts(A-B, C-D, levels = design) fit <- lmFit(eset, design) fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast) fit2 <- eBayes(fit2) ################################################### ### code chunk number 4: affycoretools_biomaRt.Rnw:127-130 (eval = FALSE) ################################################### ## limma2biomaRt(eset, fit2, design, contrast, ## species = "hsapiens", pfilt = 0.05, ## interactive = FALSE) ################################################### ### code chunk number 5: affycoretools_biomaRt.Rnw:147-149 ################################################### dt <- decideTests(fit2, method = "nestedF") rslt <- vennCounts2(dt) ################################################### ### code chunk number 6: affycoretools_biomaRt.Rnw:152-155 (eval = FALSE) ################################################### ## dt <- decideTests(fit2, method = "nestedF") ## rslt <- vennCounts2(dt) ## vennDiagram(rslt) ################################################### ### code chunk number 7: affycoretools_biomaRt.Rnw:160-161 ################################################### vennDiagram(rslt) ################################################### ### code chunk number 8: affycoretools_biomaRt.Rnw:171-173 (eval = FALSE) ################################################### ## vennSelectBM(eset, design, dt, ## contrast, fit2, species = "hsapiens") ################################################### ### code chunk number 9: affycoretools_biomaRt.Rnw:192-200 ################################################### library(biomaRt) annBM() mart <- useMart("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl") annBM(mart, species="hsapiens") mart <- useMart("ensembl", "celegans_gene_ensembl") annBM(mart, species="celegans")