### R code from vignette source 'vignettes/TargetSearch/inst/doc/RICorrection.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=80) ################################################### ### code chunk number 2: LibraryPreload ################################################### library(TargetSearch) library(TargetSearchData) ################################################### ### code chunk number 3: cdffiles ################################################### cdfPath <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data") dir(cdfPath, pattern="cdf$") ################################################### ### code chunk number 4: samples ################################################### samples.all <- ImportSamplesFromDir(cdfPath) RIpath(samples.all) <- "." ################################################### ### code chunk number 5: rim ################################################### rimLimits <- ImportFameSettings(file.path(cdfPath,"rimLimits.txt")) rimLimits ################################################### ### code chunk number 6: ricorrect ################################################### RImatrix <- RIcorrect(samples.all, rimLimits, massRange=c(85,320), Window=15, pp.method="ppc", IntThreshold=50) RImatrix ################################################### ### code chunk number 7: isRIMarker ################################################### isRIMarker <- c(T, F, F, F, F, T, F, F, F, F, T, F, F, F, F) ################################################### ### code chunk number 8: updateRImatrix2 ################################################### RImatrix2 <- RImatrix RImatrix2[, 2:5] <- RImatrix[,1] RImatrix2[, 7:10] <- RImatrix[,6] RImatrix2[, 12:15] <- RImatrix[,11] ################################################### ### code chunk number 9: updateRImatrix ################################################### RImatrix2 <- RImatrix z <- cumsum(as.numeric(isRIMarker)) for(i in unique(z)) RImatrix2[, z==i] <- RImatrix[, z==i][,1] RImatrix2 ################################################### ### code chunk number 10: fixRI ################################################### fixRIcorrection(samples.all, rimLimits, RImatrix2, which(!isRIMarker)) ################################################### ### code chunk number 11: finally ################################################### samples <- samples.all[!isRIMarker] RImatrix <- RImatrix2[, !isRIMarker]