### R code from vignette source 'vignettes/RTopper/inst/doc/RTopper.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: start ################################################### options(width=50) rm(list=ls()) ################################################### ### code chunk number 2: loadData ################################################### library(RTopper) data(exampleData) ls() class(dat) names(dat) sapply(dat,class) sapply(dat,dim) dim(pheno) str(pheno) ################################################### ### code chunk number 3: strData ################################################### ###data structure lapply(dat,function(x) head(x)[,1:3]) sum(rownames(dat[[1]])%in%rownames(dat[[2]])) sum(rownames(dat[[2]])%in%rownames(dat[[3]])) ################################################### ### code chunk number 4: metaData ################################################### library(org.Hs.eg.db) org.Hs.eg() ################################################### ### code chunk number 5: listFGS ################################################### kegg <- as.list(org.Hs.egPATH2EG) go <- as.list(org.Hs.egGO2ALLEGS) length(kegg) length(go) str(kegg[1:5]) names(kegg)[1:5] str(go[1:5]) names(go)[1:5] ################################################### ### code chunk number 6: convertIDs ################################################### kegg <- lapply(kegg[sample(1:length(kegg),5)],function(x) unique(unlist(mget(x,org.Hs.egSYMBOL)))) go <- lapply(go[sample(1:length(go),5)],function(x) unique(unlist(mget(x,org.Hs.egSYMBOL)))) str(kegg) str(go) ################################################### ### code chunk number 7: annotateFGS ################################################### library(KEGG.db) KEGG() names(kegg) <- paste(names(kegg),unlist(mget(names(kegg),KEGGPATHID2NAME)),sep=".") names(kegg) ################################################### ### code chunk number 8: listFGS ################################################### library(GO.db) GO() names(go) <- paste(names(go),Term(names(go)),sep=".") names(go) ################################################### ### code chunk number 9: listFGS ################################################### fgsList <- list(go=go,kegg=kegg) ################################################### ### code chunk number 10: convertToDr ################################################### dataDr <- convertToDr(dat, pheno, 4) class(dataDr) length(dataDr) names(dataDr)[1:5] str(dataDr[1:2]) ################################################### ### code chunk number 11: integratedScore ################################################### bicStatInt <- computeDrStat(dataDr, columns = c(1:4), method="bic", integrate = TRUE) names(bicStatInt) str(bicStatInt) ################################################### ### code chunk number 12: separateScore ################################################### bicStatSep <- computeDrStat(dataDr, columns = c(1:4), method="bic", integrate = FALSE) names(bicStatSep) str(bicStatSep) ################################################### ### code chunk number 13: runGSEbatchArgs ################################################### args(runBatchGSE) ################################################### ### code chunk number 14: runBatchGSE.int1 ################################################### gseABS.int <- runBatchGSE(dataList=bicStatInt, fgsList=fgsList) gseABS.int <- runBatchGSE(dataList=bicStatInt, fgsList=fgsList, absolute=TRUE, type="f", alternative="mixed") ################################################### ### code chunk number 15: runBatchGSE.int2 ################################################### gseUP.int <- runBatchGSE(dataList=bicStatInt, fgsList=fgsList, absolute=FALSE, type="t", alternative="up") gseDW.int <- runBatchGSE(dataList=bicStatInt, fgsList=fgsList, absolute=FALSE, type="t", alternative="down") gseBOTH.int <- runBatchGSE(dataList=bicStatInt, fgsList=fgsList, absolute=FALSE, type="t", alternative="either") ################################################### ### code chunk number 16: runBatchGSE.int3 ################################################### gseABSsim.int <- runBatchGSE(dataList=bicStatInt, fgsList=fgsList, absolute=TRUE, type="f", alternative="mixed", ranks.only=FALSE, nsim=1000) gseUPsim.int <- runBatchGSE(dataList=bicStatInt, fgsList=fgsList, absolute=FALSE, type="t", alternative="up", ranks.only=FALSE, nsim=1000) ################################################### ### code chunk number 17: runBatchGSE.format1 ################################################### str(gseUP.int) gseABSsim.int ################################################### ### code chunk number 18: runBatchGSE.altFunc ################################################### library(limma) gseUP.int.2 <- runBatchGSE(dataList=bicStatInt, fgsList=fgsList, absolute=FALSE, gseFunc=wilcoxGST, alternative="up") ################################################### ### code chunk number 19: runBatchGSE.format2 ################################################### str(gseUP.int.2) all(gseUP.int.2$go==gseUP.int$go) ################################################### ### code chunk number 20: runBatchGSE.altFunc2 ################################################### gseFunc <- function (selected, statistics, threshold) { diffExpGenes <- statistics > threshold tab <- table(diffExpGenes, selected) pVal <- fisher.test(tab)[["p.value"]] } gseUP.int.3 <- runBatchGSE(dataList=bicStatInt, fgsList=fgsList, absolute=FALSE, gseFunc=gseFunc, threshold=7.5) ################################################### ### code chunk number 21: runBatchGSE.format3 ################################################### str(gseUP.int.3) data.frame(fisher=gseUP.int.3$integrated$kegg,wilcoxon=gseUP.int$integrated$kegg) ################################################### ### code chunk number 22: runBatchGSE.separate ################################################### gseABS.sep <- runBatchGSE(dataList=bicStatSep, fgsList=fgsList) ################################################### ### code chunk number 23: combineGSE ################################################### gseABS.geoMean.sep <- combineGSE(gseABS.sep, method="geometricMean") gseABS.max.sep <- combineGSE(gseABS.sep, method="max") ################################################### ### code chunk number 24: combineGSE.format ################################################### names(gseABS.sep) str(gseABS.sep) str(gseABS.geoMean.sep) gseABS.geoMean.sep ################################################### ### code chunk number 25: adjustP ################################################### gseABS.int.BH <- adjustPvalGSE(gseABS.int) gseABS.int.holm <- adjustPvalGSE(gseABS.int, proc = "Holm") ################################################### ### code chunk number 26: adjusted.format ################################################### names(gseABS.int.BH) names(gseABS.int.holm) str(gseABS.int.BH) str(gseABS.int.holm) ################################################### ### code chunk number 27: sessioInfo ################################################### sessionInfo()