### R code from vignette source 'vignettes/GEOmetadb/inst/doc/GEOmetadb.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: GEOmetadb.Rnw:49-50 ################################################### options(width=55) ################################################### ### code chunk number 2: GEOmetadb.Rnw:57-58 ################################################### library(GEOmetadb) ################################################### ### code chunk number 3: GEOmetadb.Rnw:62-63 ################################################### getSQLiteFile() ################################################### ### code chunk number 4: GEOmetadb.Rnw:70-71 ################################################### file.info('GEOmetadb.sqlite') ################################################### ### code chunk number 5: GEOmetadb.Rnw:75-77 ################################################### con <- dbConnect(SQLite(),'GEOmetadb.sqlite') dbDisconnect(con) ################################################### ### code chunk number 6: GEOmetadb.Rnw:90-91 ################################################### con <- dbConnect(SQLite(),'GEOmetadb.sqlite') ################################################### ### code chunk number 7: GEOmetadb.Rnw:95-97 ################################################### geo_tables <- dbListTables(con) geo_tables ################################################### ### code chunk number 8: GEOmetadb.Rnw:101-102 ################################################### dbListFields(con,'gse') ################################################### ### code chunk number 9: GEOmetadb.Rnw:106-107 ################################################### sqliteQuickSQL(con,'PRAGMA TABLE_INFO(gpl)') ################################################### ### code chunk number 10: GEOmetadb.Rnw:113-115 ################################################### rs <- dbGetQuery(con,'select * from gse limit 5') rs[,1:7] ################################################### ### code chunk number 11: GEOmetadb.Rnw:119-122 ################################################### rs <- dbGetQuery(con,paste("select gse,title from gse where", "contributor like '%Sean%Davis%'",sep=" ")) rs ################################################### ### code chunk number 12: GEOmetadb.Rnw:127-131 ################################################### rs <- dbGetQuery(con,paste("select gsm,supplementary_file", "from gsm where gpl='GPL96'", "and supplementary_file like '%CEL.gz'")) dim(rs) ################################################### ### code chunk number 13: GEOmetadb.Rnw:136-142 ################################################### rs <- dbGetQuery(con,paste("select gpl.bioc_package,gsm.gpl,", "gsm,gsm.supplementary_file", "from gsm join gpl on gsm.gpl=gpl.gpl", "where gpl.manufacturer='Affymetrix'", "and gsm.supplementary_file like '%CEL.gz' ")) rs[1:5,] ################################################### ### code chunk number 14: GEOmetadb.Rnw:146-151 ################################################### getTableCounts <- function(tableName,conn) { sql <- sprintf("select count(*) from %s",tableName) return(dbGetQuery(conn,sql)[1,1]) } do.call(rbind,sapply(geo_tables,getTableCounts,con,simplify=FALSE)) ################################################### ### code chunk number 15: GEOmetadb.Rnw:160-161 ################################################### conversion <- geoConvert('GPL96') ################################################### ### code chunk number 16: GEOmetadb.Rnw:166-171 ################################################### lapply(conversion, dim) conversion$gse[1:5,] conversion$gsm[1:5,] conversion$gds[1:5,] conversion$sMatrix[1:5,] ################################################### ### code chunk number 17: GEOmetadb.Rnw:178-179 ################################################### getBiocPlatformMap(con, bioc=c('hgu133a','hgu95av2')) ################################################### ### code chunk number 18: GEOmetadb.Rnw:185-198 ################################################### sql <- paste("SELECT DISTINCT gse.title,gse.gse", "FROM", " gsm JOIN gse_gsm ON gsm.gsm=gse_gsm.gsm", " JOIN gse ON gse_gsm.gse=gse.gse", " JOIN gse_gpl ON gse_gpl.gse=gse.gse", " JOIN gpl ON gse_gpl.gpl=gpl.gpl", "WHERE", " gsm.molecule_ch1 like '%total RNA%' AND", " gse.title LIKE '%breast cancer%' AND", " gpl.organism LIKE '%Homo sapiens%'",sep=" ") rs <- dbGetQuery(con,sql) dim(rs) print(rs[1:5,],right=FALSE) ################################################### ### code chunk number 19: GEOmetadb.Rnw:203-204 ################################################### dbDisconnect(con) ################################################### ### code chunk number 20: GEOmetadb.Rnw:208-209 ################################################### file.remove('GEOmetadb.sqlite')