### R code from vignette source 'vignettes/DOSE/inst/doc/DOSE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=60) require(DOSE) ################################################### ### code chunk number 2: DOSE.Rnw:65-67 ################################################### library(DOSE) help(DOSE) ################################################### ### code chunk number 3: DO Similarity ################################################### data(DO2EG) set.seed(123) terms <- list(a=sample(names(DO2EG), 5),b= sample(names(DO2EG), 6)) terms ## Setting Parameters... params <- new("DOParams", IDs=terms, type="DOID", method="Wang") ## Calculating Semantic Similarities... sim(params) ################################################### ### code chunk number 4: DO Similarity 2 ################################################### params <- new("DOParams", IDs=terms, type="DOID", method="Wang", combine="rcmax.avg") sim(params) ################################################### ### code chunk number 5: Gene Similarity ################################################### geneid <- list(a=c("920", "100"), b= c("919", "4221", "3458")) params <- new("DOParams", IDs=geneid, type="GeneID", method="Wang", combine="rcmax.avg") sim(params) ################################################### ### code chunk number 6: enrichment analysis ################################################### data(DO2ALLEG) genes = DO2ALLEG[[1]] genes x <- enrichDO(genes, pvalueCutoff=0.05) head(summary(x)) setReadable(x) <- TRUE ################################################### ### code chunk number 7: CNETPLOT ################################################### plot(x,showCategory=5, categorySize="geneNum",output="fixed") ################################################### ### code chunk number 8: DOSE.Rnw:302-303 ################################################### sessionInfo()